秘密組織「君主計畫」被各界認為應該要為2014年舊金山事件負起全責，泰坦巨獸的存在曝光造成了全球恐慌，美國政府為此傷透腦筋，深覺事態嚴重要求君主計畫納歸政府，更判斷應立即撲殺全球的泰坦巨獸，可君主計畫的主科學家芹澤卻不這樣認為，提出諸多泰坦巨獸之所以出現的理由，其中之一就是為了保護地球生態、維持平衡，想當然爾這樣的說法政府並不接受。
與此同時，因舊金山事件中失去兒子、曾共同為君主計畫工作的馬克與艾瑪，在婚姻結束後決定分開生活，馬克離開君主計畫前去森林研究野狼生活，而艾瑪則是和女兒麥蒂森同住在君主計畫位於中國雲南雨林裡的基地。失去兒子後，艾瑪傾注全力繼續研發能控制泰坦巨獸的音頻機，耗費多年時間音頻機總算研發完成，她用來實驗的第一個對象，就是沉睡於中國雲南雨林裡的「怪獸之后」摩斯拉之幼蟲形態，音頻機如預期般的發揮功效，本來躁動不已的摩斯拉幼蟲被控制住，可慶祝都還來不及，君主計畫基地便遭到襲擊，摩斯拉趁亂脫逃、艾瑪和麥蒂森被當作人質帶走，連音頻機都落入以喬納為首的集團手中。
接獲消息的芹澤立刻通知馬克，擔心母女倆安危的他和君主計畫眾人前往南極洲的基地，在那裡冰封著未被記載的「零號怪獸」，喬納打算用音頻機強制將零號怪獸喚醒，前往救援時馬克和福斯特目睹了艾瑪按下了引爆鈕將冰炸毀，這才發現原來是艾瑪攜手合作喬納，她因失去兒子所產生的拯救世界的想法，和喬納的理念一拍即合，進而決定合作。她打算階段性的喚醒所有泰坦巨獸，好達成毀滅後重生的目標。早前被認為已經失蹤的哥吉拉，因感受到即將出現的極大威脅重新現身在芹澤等人面前，牠幫助眾人於南極洲暫時擊退零號怪獸。接著，艾瑪和喬納前往莫納島喚醒了「焰魔」拉頓，所有人在莫納島碰上，哥吉拉也和零號怪獸再度強者戰強者。可在此時，政府於莫納島海裡投下一顆導彈，企圖一舉消滅哥吉拉和零號怪獸，豈料零號怪獸毫髮無傷地飛離，而哥吉拉則被探測到生命指數和輻射值都不停向下降。
零號怪獸顯然打壞了艾瑪的計畫，牠強制喚醒了各地的泰坦巨獸，俯首王者是萬物不變的習性，就連泰坦巨獸也是。多隻泰坦巨獸接受零號怪獸的召喚，開始於世界各地肆虐破壞，馬克等人認為唯有擊敗零號怪獸才能阻止泰坦巨獸，可唯一能夠對抗牠的哥吉拉力量衰減，打算從旁協助牠治癒療傷的眾人前往海底。在另一邊，無法認同母親想法的麥蒂森，偷走了音頻機前往波士頓球場，打算透過廣播播送音頻強行控制零號怪獸...
以爽片來說，《哥吉拉II怪獸之王》無疑可以被打上高分，該滿足觀眾的通通沒有少，就我自己是大部分的時間都處在相當亢奮的狀態，特別是在每一場的怪獸對戰，都是如此的華麗絢爛而又驚心動魄，不管是哥吉拉對零號怪獸，或是摩斯拉對決拉頓，甚至是拉頓初登場以迴旋方式擊墜多架戰鬥機、卻慘遭利用被迫和零號怪獸正面硬幹，每場打鬥都不隨便帶過，直接給觀眾最震撼的視覺享受。此外，從德布西的月光在預告片裡被選用開始，電影裡頭的配樂選用、音效運用都和畫面完美結合，一幀幀畫面和旋律相映成趣，時而高亢激昂、時而低吟哀傷，有了這樣強而有力的輔助，著實替《哥吉拉II怪獸之王》增色了不少。
