切韋萊拉神父表示，協議簽訂四年以來，教廷沒有討論宗教自由問題，此外關於中國天主教愛國會的地位問題也沒有討論。《中國天主教愛國會章程》第二條規定「本會是由全國天主教神長教友自願結成的愛國愛教的群眾團體。」實際上，中國天主教愛國會為中共統戰部管轄的事業單位，其人員招錄考試流程參照公務員考試。
教廷對陳日君的沉默
香港榮休主教陳日君是最激烈的反對者，陳日君曾前往梵蒂岡向試圖向教宗陳情中國的宗教自由狀況，但未獲接見。今年5月陳日君被控香港國安法有關的罪名而被逮捕，他曾通過一個基金會向2019年「反送中」運動期間被捕人士提供法律援助。
陳日君被捕後，梵蒂岡聖座新聞室表示「為此感到擔憂，極度關注事態發展」。教廷國務卿帕羅林則表示，不希望因為陳日君被捕而影響與中國續簽協議。德國樞機主教格哈德·穆勒（Gerhard Muller）公開批評梵蒂岡對陳日君被捕保持沉默，另外對陳日君即將進行的審判表示失望，他批評與中國續籤的協議不符合梵蒂岡的國家利益。
切韋萊拉神父表示，儘管梵蒂岡高層對陳日君被捕保持沉默，不過在全球範圍內各地天主教會對陳日君予以很大的聲援，早前陳日君被香港警方國安處以涉嫌違反《港區國安法》拘捕，陳日君被指與外國勢力「勾結」，切韋萊拉神父指，可能是因為國際社會的反應，現在被控的罪名是未能遵循《社團條例》為其基金會註冊。
英特羅維吉認為，梵蒂岡方面沒有特別關注陳日君，他們將陳日君視為反對者。英特羅維吉表示，陳日君也犯了一些錯誤，他將自己局限於批評教廷的中國政策，同時在其他方面也批評教宗，例如離婚、同性戀的議題，這使他遠離了教會內自由派的同情，陳日君更傾向於保守派，而自由派沒有特別關注陳日君的處境，儘管一些自由派人士也支持民主、人權，反對中國的鎮壓。
英特羅維吉表示，梵蒂岡對陳日君的態度是仍然將其視為主教，但是是一名不受歡迎的主教，教廷在烏克蘭問題和羅興亞難民問題上做出過表態，但是沒有在香港、新疆問題上發聲，而最近聯合國的報告指出新疆發生了嚴重的侵犯人權行為，因此有人認為梵蒂岡與中國簽訂的秘密協議中可能有禁止梵蒂岡批評中國的條款。
