2014年4月21日，松菸巨蛋附近道路拓寬工程，遠雄強行移植行道樹，因而引發台灣護樹團體聯盟抗爭；23日～25日，雙方發生多次衝突，之後護樹志工開始夜宿，遠雄也於26日起暫停施工，演變成長期抗爭。
2014年6月6日，松菸公園催生聯盟到廉政署前舉行記者會，指控大巨蛋自招標開始即涉嫌充斥甄審委員接受遠雄飲宴、收賄，台北市長郝龍斌等相關首長護航。
2014年7月，監察委員黃煌雄、葛永光調查指出台北大巨蛋4項開發爭議：1. 體育園區變更為商業特區；2. 大巨蛋不符國際賽場標準；3. 為拓寬道路粗暴移植老樹；4. 不專業工程會阻礙市府處分。
2014年12月底～2015年1月初，公民團體向新當選的台北市長柯文哲送出陳情書。 1月8日，柯文哲與公民團體見面討論後表示，考慮不做地下道以化解移樹爭議，後來並表明反對開挖地下道。
2015年1月15日，柯文哲指稱馬英九與遠雄簽的大巨蛋BOT合約是「割地賠款的不平等條約」。
這塊土地市值初估至少2000億元，遠雄花費288億元興建，卻只有80億用在大巨蛋場館，其他208億全部都是商場建設，市府只獲得權利金0元、公告地價1%的租金6700萬。市府當初買地借了140億，每年利息粗估2億，因此每年市府至少虧損1.3億，但遠雄50年預估可收入7300億元。而且除了世大運外，未來市府每年只有10天檔期能在大巨蛋辦活動。
