所有的這一切，全部都有問題，但它們還不是靖國神社爭議如此之大的主因。沒人出面解釋為什麼二○一一年一名中國男子試圖縱火焚燒神社大門。沒人出面解釋為什麼二○一三年一名韓國男子把一瓶油漆稀釋劑扔進大堂，或者為什麼二○一五年又有人在此引爆炸彈。這些攻擊並不是針對博物館或紀念碑，而是直指更根本的核心：靖國神社本身，以及入祀於此的亡魂。
靖國神社之所以被日本鄰國憎恨，是因為它不是一個單純供奉服從命令、執行任務陣亡的普通日本士兵的機構──自一九五○年代末以來，靖國神社一直都是一個公開且露骨地供奉被定罪戰犯亡魂的機構。
這個問題要從一九五九年說起。直到當時為止，被定罪的戰犯仍不被允許入祀。話雖如此，某些戰犯家屬卻始終為了入祀資格而四處奔走遊說，最後他們成功爭取到日本厚生省支持。厚生省於一九五六年開始把乙級和丙級戰犯的名字交付給靖國神社；三年後，這批亡魂開始入祀合奉。
從一九五九年四月到一九六七年十月，大約有九百八十四名乙、丙級戰犯入祀。這些戰犯都曾親自參與執行在亞洲各地對囚犯和無辜平民的大規模殺戮、剝削與酷刑。入祀程序悄悄地進行，一方面為了避免引起公眾強烈反對，另一方面也為了規避來自宗教和政府相關單位的責難──因為如此行徑已公然違反日本新憲法。而且，看樣子神社方面甚至沒有徵求入祀者家人的許可，因為有些人對他們親屬做過的事情深感羞愧，認為自己的親人不配獲得這般榮耀。
一九六九年，厚生省與靖國神社達成一項協議，打算讓十四名日本甲級戰犯入祀。這些人雖未親自犯下暴行，卻是高層官員，也就是那些策劃並發動侵略戰爭的罪魁禍首。打從一開始，讓這些人入祀就是意識形態驅使下的計畫。厚生省幾名官員及靖國神社的幾位神職人員，他們之前都是軍人，而且從來就不接受東京大審判的判決。靖國神社宮司（即神社的最高負責人）筑波藤麿接到名單後審慎考慮了好幾年；但在他死後，繼任者松平永吉卻快馬加鞭地進行下去。在一九七八年十月十七日的一宗秘密儀式上，他讓這十四名甲級戰犯入祀合奉。
所有的步驟都被省略了。在一九六○年代和一九七○年代，日本反對和奉的人遠遠多於支持的人。這絲毫不奇怪，畢竟這些入祀者違背了一切道德準則，給日本帶來了恥辱。靖國神社之所以對這件事諱莫如深，是想避免引發公眾對此事的撻伐。
日本天皇似乎也不贊成這次入祀。一九四五年至一九七五年，日本昭和天皇曾八次參拜靖國神社，但自從甲級戰犯入祀合奉後，他就再也沒去參拜過了。在他死後，他的兒子明仁天皇也一樣，從來沒有參拜過靖國神社。
