台鐵指出，西部幹線基隆－潮州站間，晚間6時前列車正常行駛；東部幹線台北往台東，自408次自強號（台北站07：40開）開行後，全部停駛，台北往花蓮，自280次自強號（台北站09：40開）開行後，全部停駛，台東、花蓮往台北，自411次普悠瑪號（台東站07：55開）（花蓮站09：44開）開行後，全部停駛。區間車視風雨情形機動行駛。
另外，南迴線新左營往台東，自371次自強號（新左營09:20開）開行後，全部停駛，台東往新左營，自308次自強號（台東11:10開）開行後，全部停駛。
支線部分，平溪線、深澳線12時後停駛，內灣線、六家線、集集線、沙崙線18時前正常行駛。阿里山線自7月29日、30日、31日連續三日各級列車停駛。
台鐵表示，因應颱風變化，建議乘客出門前上台鐵局官方網站查詢最新動態，或使用台鐵24小時客服電話：（02）2191-0096、0800-765-888（免付費電話，行動電話無法撥打）詢問。
花蓮、宜蘭地區多處封路，台八線10時禁行
尼莎颱風來襲，氣象局預報29日花蓮將籠罩暴風半徑內，山區雨勢可能達到超大豪雨以上等級。公路總局暨所屬第三、四區養護工程處於28日上午緊急成立應變小組，並於29日早上宣布，考量山區道路致災風險高，為維護用路民眾人車安全，台8線中橫公路今上午10時後禁止進入；台９線蘇花公路蘇澳至崇德（104.7~179k），29日下午1時起禁止進入，15時全面封閉。南航公路東段台20線153K~185K（向陽~霧鹿） 路段，預計於14時進行預警性封閉道路。
公路總局也指出，台11線61K+500~64K（豐濱鄉人定勝天~石梯橋）屬易遭浪襲路段，花蓮工務段已派員進行守視監看，如遇有長浪將岸邊礁石挾帶至公路上而影響行車安全之情形時，將實施緊急性封路。
另花蓮山區省道台11甲線光復~豐濱、台23線豐南~縣界今上午8時後禁止進入，依據氣象局提供最新氣象情資，颱風路徑較預測偏北，暫不執行預警性封路。
宜蘭地區的雨勢、風力也將於下午逐漸增強，因平均風力將達七級、陣風十級，已達封路標準，公路總局為維護用路安全，宣布北橫公路台7線65.5K～85.6K（明池至百韜橋）實施預警性封路，於下午14時起禁止進入、16時起全面封閉道路。另，中橫公路宜蘭支線台7甲線0K～45K（棲蘭至思源啞口），於下午14時禁止進入、16時起全面封閉道路。
公路總局呼籲，颱風侵襲期間，應避免行駛山區公路，並多利用公路總局省道即時路況系統及收聽警廣路況廣播，留意預警封路、災害阻斷、搶修交管等訊息。
