檢察組織的體制變革是司改國是會議第3組的重點，作為檢察事務體系龍頭的最高檢察署檢察長顏大和卻在討論中「被缺席」，法務部長邱太三沒有推薦顏大和擔任國是會議委員，而據瞭解，待退的顏大和曾表達願意與會報告他的改革建言，卻有法務部及檢察官試圖阻擋這樣的安排，最後因時間因素不了了之。
攸關檢察官定位與檢察組織檢討的議題在4月26日、5月10日已討論完畢，提出多項改革建議的高等法院法官林孟皇在3月8日的會中指出，檢察總長的任命經國會同意，民主正當性比作為檢察行政事務體系首長的法務部長高，他希望討論到相關議題時能邀顏大和與會，當時會中沒有異議。
顏大和缺席司改國是會議 原因令人費解
顏大和也是檢察官協會理事長，全國約1300名檢察官中有約400名資深檢察官是該協會成員，顏卻沒有機會在國是會議發言，原因令人費解。
國是會議委員說，反對顏大和列席的人以顏列席可能成為阻礙改革的阻力為由，但他認為，這個說法「真真假假、有虛有實」，主要原因應該是顏可能會讓檢察體系的內部矛盾檯面化，「他們背後有很多複雜的思考」，以至於多數時候著眼的不是如何為國家建立更完善的檢察體系，而是「有很多的權謀算計」。
法務部長與檢察總長在現行體制下的權責不明，是林孟皇等主張改革檢察體系者推動的重點之一。林孟皇在提供給國是會議的簡報中舉例，前檢察總長陳聰明在2008年因涉及不當飲宴而被要求迴避特偵組偵辦前總統陳水扁的洗錢案，但陳聰明拒絕，當時的法務部長王清峰說她也無可奈何；另外，2013年立法院討論廢除特偵組的議題時，曾邀依法有備詢義務的前檢察總長黃世銘列席，黃請假不願列席，當時的法務部長羅瑩雪也說，她無法強迫黃。
改革檢察總長選任方式 邱太三反對部長圈選總長
林孟皇提案改革檢察總長的選任方式，是為解決法務部長、行政院長對總長人選完全無置喙餘地，有違權責相符用則、違憲的問題。對這個提案，邱太三一反先前討論檢察長選任時，他明顯反對釋出部長權力的態度，說他不希望有圈選檢察總長的權力。邱雖認為現行總長的任命讓總長「欠總統情」，卻也沒有說這個問題應該如何解決，對於這個他認為有問題的制度，沒有任何改革建議。
邱的態度讓成大法律系教授李佳玟用邱後來解釋是「自我調侃的場面話」來批評他，李說在開會過程充分感受到邱的「耍賴功力」；而邱也不滿李的批評，在5月10日的會中指李不應抹黑他的人格，對他人身攻擊。李事後則再批邱，指他只願對主任檢察官的人事鬆手，當主任檢察官仍受制於檢察長，「這樣的改革有什麼意義」？李說，邱只想維持既有的權力，而不想建立權責相符的檢察體系。 （相關報導： 司改國是會議》司改委員檢討檢察官強制處分權 邱太三：法官也應一起檢討 ｜ 更多文章 ）
李佳玟：法務部長控制檢審會
李佳玟12日受訪時說，邱太三反對檢察長選任的改革納入檢察官票選，而堅持要由檢察官人事審議委員會（檢審會）提名，這說明邱認為，檢審會是法務部長可以控制的。李指出，要建立權責相符的檢察體系，人事權很重要，檢察長的人事權更為關鍵，這也是她為何要追問邱，何以對檢察長的人事權寸步不讓？
第3組的改革方案意在建立對檢察體系的權力制衡與課責機制，推動改革的委員說，國是會議原是可以好好坐下來討論國家藍圖的機制，但法務部與檢察體系抗拒改革的防禦性相當強，從一開始運作該組委員的組成開始，而在討論時，也常常不針對問題，而是東扯西扯，對於不喜歡的意見，就說檢察官不支持的話就沒辦法推動，或質疑別人沒有做法社會學研究。不過，據指出，有非法律人委員對法務部的態度也感到不以為然，私下說，「其實大家都看得懂」。
有委員說，剛開始的確覺得會議的委員組成對法務部及檢察系統較有利，後來慢慢的也有法務部推薦的非法律委員，被主張改革的一方說服，例如關於人事審議制度的變革，包括檢審會納入外部委員等提案，就獲得他們支持。
人審會納入外部委員 曾被批評「引清兵入關」
林孟皇指出，檢審會納入外部委員是很重要的變革，他在2011年推動《法官法》修法，主張司法院的人事審議委員會（人審會）引進外部委員，當時反對者，包括該組的副召集人陳瑞仁等，還以「引清兵入關」批評；不過，從很多的案例，包括人審會2016年在外部委員建議下，撤回承審侯西峰案法官梁耀鑌的升遷案，等梁辦完侯案才重審他的人事案，就可看出外部委員的重要性。
法務部對此改革建議，僅願意「聽取外部意見」。林孟皇認為，這已經是很不容易的進步。不過，律師尤伯祥則懷疑「聽取」外部意見就能達到外部民主的效果。尤12日受訪指出，主任檢察官的產生改為票選後，更需要外部委員，才能做到民主問責與節制檢察權，否則檢察官透過選舉過程的結盟，如果變成權力自走砲，群體的力量會比現在個別檢察官成為權力自走砲更可怕。
《風傳媒》整理這2次會議有關檢察體系人事制度變革的討論如下：
（一） 檢審會納入外部委員 法務部只願意「聽取外部意見」
檢審會功能為審議高等法院檢察署以下各檢察署主任檢察官、檢察官的任免、轉任、遷調、考核及獎懲事項。該委員會由17人組成，其中「官派8人」是由法務部長指派4人，檢察總長指派4人，「其餘9人」由檢察官票選。
第3組通過的決議是，檢審會必須納入外部委員，但外部委員沒有投票權。法務部不主張檢審會納入外部委員，但願意「聽取外部意見」。
檢審會委員具檢察官身份 講究倫理期別
改革主張：
林孟皇指出，現行檢審會委員都具檢察官身份，講究倫理期別，可能形成檢察官本位思考、論資排輩、鄉愿和諧等人事的決策文化，而沒有正常人事升遷制度應該考慮的定罪率、上訴維持率等，納入外部委員可使檢察人事制度民主化、自治化、透明化、多元化，並強化問責功能；且外部委員應有全面表決權，司法院人審會的外部委員無法就人事案表決，應一併改革。
尤伯祥認為，人審會及檢審會是法官、檢察官制度改革的重點，威權時期統治者就是靠控制人事審議制度操縱審判，「這個歷史殷鑑，必須牢記」。
邱太三：外部委員能否投票 我沒有特別意見
法務部及檢察官代表意見： （相關報導： 司改國是會議》司改委員檢討檢察官強制處分權 邱太三：法官也應一起檢討 ｜ 更多文章 ）
法務部提案，檢察官人事審議制度朝「內部民主化」及「外部民主化」改進，其中，「外部民主化」指的是「聽取外部意見」。這項提案也通過，但與林孟皇主張檢審會每次開會都應有外部委員在場，並不相同。
邱太三指出，外部委員能否投票，「我個人沒有特別意見」，但2012年《法官法》修法，法官協會曾拜託他遊說民進黨主席蔡英文，要求司法院人審會的外部委員不應享有投票權，因為人事是「內部自治很重要的事項」，對檢察官而言，也是一樣。對於外部委員的角色，邱說，他不確定基層檢察官能接受到什麼程度，因此他只能說，方向是讓外部委員的意見與影響力不斷增加，如果該組決議外部委員可投票，但多數的檢察官不同意，「我也沒有辦法」。
檢察官代表林達支持檢審會納入外部委員，「有時候我們自己內部體系不是那麼容易把這些事情暴露出來」，但他不支持外部委員有表決權。他說，檢審會處理非常多人事案，「制度上必須考慮很多人際因素」，如果還要考慮「向外部委員拉票」的因素，擔心會有檢察官為了升遷等，辦案會迎合某些特定的外部委員。
在檢察人事審議制度「內部民主化」方面，法務部說，內部民主化為「票選推薦」。邱太三就此發言時，也提到他對檢察體系人事選任的看法。
邱太三說，對於人事，他能不碰最好，有些委員講檢察官怎樣支持票選，但他不知道他們與基層檢察官有過多少討論。邱說，他上任後到各地與檢察官座談，除了澎湖、台東地檢署沒去過，「我都不知道他們想要怎樣」。他只能說，方向是內部民主化，但地檢署人數多寡不一，在選舉結盟上，每個人的盤算都不一樣，法務部檢察司仍在辦座談會，目前還未彙整出多數檢察官支持的方案。
（二） 檢審會成員至少需有1/3女性 邱太三：會排擠參加票選的男性
林孟皇提案，為使檢察人事制度符合性別平等原則，檢審會單一性別委員比例不得少於1/3。表決時10人贊成，沒有超過該組原委員20人的半數門檻。依據議事規則，主席在表決差1票過半時可投票，主席瞿海源說，「加1票，11票，通過」，表決反對該案時，則沒人舉手。
表決結果確定後，瞿海源宣布先休息10分鐘，邱太三追問，「確認喔？是不是票選委員不得少於1/3？」邱說，法務部政次、常次、檢察總長都是法定成員，這項條款可能會排擠參加票選的男性。對於邱在表決後，再度表達執行上的困難，瞿對邱說，「技術問題請法務部進一步處理」。
性別比例問題 「希望有朝一日男性也有適用機會」
改革主張：
林孟皇指出，台灣高等法院的女法官有將近半數，但從來沒有女性院長，檢察體系也有近半數是女性，律師界男、女比例則是2：1，也就是說，女性法律工作者佔相當比例，甚至接近半數，但在檢察體系擔任檢察長以上職務以及在司法院體系擔任各法院院長的女性比例都極少，問題出在掌握人事權的檢審會和人審會都是男性為主，考慮人事的時候，沒有思考到性別問題。
林孟皇建議，檢審會單一性別的比例不得低於1/3，「希望有朝一日男性是少數，也有適用這個條款的機會」，他也會推動人審會做同樣的改革。
尤伯祥呼籲林達支持。尤指出，40歲以下的律師已是女性多於男性，法律系學生有2/3是女性，未來這個條款保障的是男性，不是女性。 （相關報導： 司改國是會議》司改委員檢討檢察官強制處分權 邱太三：法官也應一起檢討 ｜ 更多文章 ）
馮賢賢：制度改變會鼓勵女性參選
第3組3名女性委員也都支持。馮賢賢反駁林達的論點，她指出，目前的制度可能會讓女性放棄參選，制度改變會鼓勵女性出來參選。
張娟芬指出，這項提案並不會窒礙難行，不必假設女性永遠選不上，以致於外部委員都必須都是女性，這是不必要的顧慮。
李佳玟說，其他的行政機關和學校的委員會也都有相同條款，法律界的女性比男性多，受拔擢的卻都是男性，反而是不正常的，這項提案能矯正這個現象。
法務部及檢察官代表意見：
林達建議，可朝此方向呼籲，但不要硬性規定。他說，也要有足夠的女性參選，否則只能在官派部分多派女性，「我覺得可能會獨厚某些人」，或者外部委員都要是女性，硬性規定下去，實際操作上會有「很奇異的現象」。
邱太三說，檢審會由3個結構組成，部長指派政務次長、常務次長、檢察官共4人，檢察總長又指派4人，另有9人票選產生，「如果總長是男的，他要指定的檢察長也是男的，1/3就變成要擠到票選的….」，「這個要檢察官同意」。
（三） 地檢署主任檢察官改以票選推薦為原則 邱太三：將來不適任，不是我的責任
現制是由檢審會提出職缺1.5倍人選，給部長圈選。這個做法被指違法《法官法》，且部長會透過人事權干預個案，也會造成檢察官為求升遷，仰承上意辦案。第3組4月26日決議，地檢署主任檢察官之產生應以檢察官票選推薦為原則。
改革主張：
林孟皇指出，各地檢署主任檢察官由該署檢察官票選，再由檢察長圈選，送檢審會同意後任命，不再經法務部長圈選，檢察官人數較少的地檢署另行規定。
部長不圈選地檢署主任檢察官 「不適任就不是部長責任」
法務部及檢察官代表意見：
邱太三指出，部長不用對這些人事負責，選舉可能選出好的，但就像選立委，也可能選出不好的，這樣就不應由他承擔；他對圈選沒什麼興趣，對此案沒什麼意見，但「將來這些不適任的，就不是我部長的責任」，「這要先講清楚」。
相對於林孟皇的提案，林達說，考慮檢察一體、避免外力干預，只要做綱領式決議即可，細節後面再來研議。林達提案，地檢署主任檢察官的選任，應以檢察官票選推薦為原則。該組也以林達的提案表決通過。
（四） 檢察長的選任改革未通過 邱太三：票選結果若不好 「我要圈選嗎？」
依現行規定，指揮監督該地檢署檢察官及其所屬檢察署檢察官的檢察長，是由檢審會提出職缺2倍人選，給部長圈選。相關改革4月26日表決未通過。
改革主張：
林孟皇建議將選任方式改為，由全國檢察官票選職缺3倍人選，經檢察總長挑選職缺2倍人選後，給部長圈選，再送請檢審會同意後任命。他解釋，提案用意包括：1、讓檢察官有表示意見的機制，以發揮其專業性及自治性、2、讓指揮全國檢察體系辦案的檢察總長有一定的決定權限、3、前2個機制某種程度限縮部長權限，部長畢竟是政務官，政治力可藉部長對檢察長人事權的掌控，影響檢察權行使的公正與中立，但基於責任政治，部長仍有圈選權，最後再送檢審會同意。 （相關報導： 司改國是會議》司改委員檢討檢察官強制處分權 邱太三：法官也應一起檢討 ｜ 更多文章 ）
林孟皇指出，檢審會的票選委員「某種程度是全國地檢署分贓出來的」，檢審會不會比全國檢察官更清楚誰適合當檢察長；而賦予檢察總長一定的權限，也是為使檢察體系權責相符，讓檢察官行使職權能更有獨立性。
「我對人事實在是很討厭」邱太三：如果都不好，一定要選嗎？
法務部及檢察官代表意見：
對於林孟皇這項在4月26日的提案，邱太三首先質疑，「你叫我負責任政治」，但「如果我覺得這些都不好，我一定要圈選嗎？」邱接著說，「我對人事實在是很討厭」，但他認為，檢察長大部分的工作，並不是在檢察體系裡面，那大概都是襄閱檢察官處理，檢察長的工作跟整套的刑事司法比較有關，包括領導統御、起訴與審判後的執行、保護管束、對社會的法治教育等，這些也要考量。
在5月10日關於人事權的討論中，台中地方法院法官賴恭利提到，司法院人審會和法務部檢審會派任方式的區別在於，司法院是由司法院長提出人選後，由人審會決定，法務部則相反，是由檢審會提出後，讓部長決定。
賴恭利的談話，引發邱太三再論4月26日的這項方案。邱說，「如果大家認為司法院的作法比較民主，我坦白講，我比較喜歡那種，因為人選不是你們（人審會或檢審會）決定，是我決定，你們只有否決權，不聽我的話的永遠沒機會進去」，「那一種對人事的干預較強？」儘管賴和林孟皇解釋，依司法院的制度，院長向人審會提名前還有很複雜的篩選機制，並非院長想提誰就提誰，但邱仍說，部長只有圈選權有違責任政治，這2個派任方式各有利弊，「我沒有意見」。
（五） 檢察總長的選任改革未通過 邱太三：檢察總長任命經國會同意 「總長當然欠總統情」
檢察總長現由總統提名，經國會同意後任命。相關改革4月26日表決未通過。
改革主張：
林孟皇主張將選任方式改為，由檢審會提出3到5名人選，經法務部長圈選，由行政院送國會同意後任命。他說，在法務部體系下，檢察總長某種程度而言是部長下屬，但部長對總長人選卻沒有任何權限；為使刑事政策順利推行，部長對總長的任命應有一定程度的參與和權限，以符責任政治、民主問責原則。
尤伯祥指出，在目前制度下，國會對總長行使同意權後，除了透過預算控制，總長行使職務的權力就完全不受國會監督，這項提案就是要回答這個問題；儘管總長是軍令系統的老大，「無論如何仍必須受民主問責原則的拘束」。
李佳玟表示，現行的體制非常矛盾，總長由總統提名，國會同意，他的民主正當性高過法務部長，他是檢察事務的老大，但對於檢察長的人事卻又沒有權限，這個提案可以讓整個系統的權責相符更明確。
陳瑞仁：總長對個案有指揮權，是軍令系統的老大
法務部及檢察官代表意見：
陳瑞仁指出，總長對個案有指揮權，是軍令系統的老大，部長是政令系統的老大，有人將2者比喻為參謀總長、國防部長；以總長是部長下屬的觀點設計制度，可能會讓政治力介入司法，他覺得有相當的危險。 （相關報導： 司改國是會議》司改委員檢討檢察官強制處分權 邱太三：法官也應一起檢討 ｜ 更多文章 ）
邱太三指出，檢察官不是法官，檢察官有司法官的屬性，絕對不是行政官，這項提案是基於檢察官是行政官的思維，才主張人選由行政院（而非總統）送國會同意。邱說，法官也沒有被人民檢視或民主問責，通過考試就可當一輩子，司法院長也不用到國會備詢，這就是因為「我們國家的制度運作至今，很多人偏好，要讓法官有獨立性，就是誰都不能管他」，縱使變成恐龍、奶嘴法官都一樣。
邱太三也質疑法官、檢察總長等人事案經國會同意的必要性。他說，當年他就反對讓總長的人事案送國會同意，因為人事案要通過國會，只能靠總統下令運作，「總長當然就欠總統情」，台灣的政治怎樣運作，「其實不是我們這些人可以想像的到的」。對於第2組4月24日通過改變終審法院法官的選任，讓總統圈選，且不需經國會同意，邱太三說，坦白講他「滿同意的」，以台灣的政治環境，要將法官和檢察總長的人事案送國會同意，「真的要慎重」。
（六） 主任檢察官職期審查會（職期審查會）納入外部委員
高等法院以下檢察署主任檢察官屆滿4年，如有意連任，法務部須組成主任檢察官職期審查會，審查是否同意連任，如同意就定案，如不同意，須再送檢審會審查。職期審查會由法務部政次、常次、檢察司司長、檢察總長與高等法院及其分院檢察署檢察長組成，部長指定具法官或檢察官身分的政次為主席。第3組5月10日決議，職期審查會應有外部委員參與，但沒有投票權。
主任檢察官票選 盼檢察官能公正行使職權
改革主張：
林孟皇指出，第3組在4月26日通過主任檢察官以推薦票選為原則，就是希望檢察官能公正行使職權，而不是仰承長官的意志辦案，但由於職期審查會的成員都是有權勢者，如果主任檢察官的連任要經職期審查會的同意，主任檢察官選上後，「可能會向權力靠攏」，因此他建議法務部比照司法院處理庭長連任的方式，讓檢察官、法官、學者、專家或律師代表參與職期委員會。
尤伯祥指出，地檢署主任檢察官的選任方式雖往內部民主化改進，檢察系統仍可能因互相結盟換票，而造成派系林立、各立山頭，為防止個別檢察官濫權、成為權力自走砲，職期委員會必須納入林孟皇建議的外部代表，他也主張讓公民或社會公正人士參與，才有辦法達成民主問責、節制檢察權的目的。
李佳玟認為，她願意相信權力擁有者能自制、聆聽基層的意見，但權力仍會被濫用，「機制的建立就是為了避免權力濫用」，如果初任的主任檢察官是票選產生，但連任與否卻是由上級長官決定，票選就會失去意義。
檢察官代表意見：
林達指出，大部分檢察官任滿4年後通常都會連任4年，如果有外部委員，對於否決主任檢察官連任「可能會有非常重大的影響力」，「等於是採取否決權的型態」，是不是要透過外部委員「來達成不一定會全部連任的效果」，他有疑慮。
不過，林達稍後指出，對於要連任的主任檢察官，法務部檢察司會請全國檢察官匿名表示意見，如有不適任的負評，會被職期審查會列入檢討，在現行制度下，應不用擔心會向權力靠攏的問題；不過，他個人認同，有法官等外部委員在職期委員會，可以帶入不同聲音。林達表決時也支持這項提案。
陳瑞仁則是態度保留，他說，稍早通過檢審會納入外部委員，「已經是很大的改革」，是否所有處理人事的委員會都要有外部委員，應再仔細討論。 （相關報導： 司改國是會議》司改委員檢討檢察官強制處分權 邱太三：法官也應一起檢討 ｜ 更多文章 ）
（七）活化地檢署、高檢署檢察官輪調制度
檢察體系的人事升遷制度被認為是影響檢察官獨立行使職權的原因，長期被詬病。林孟皇則撰文描述這種「檢察官→主任檢察官→二審檢察官→三審檢察官」的人事升遷文化。他指出，地檢署檢察官當上主任檢察官，就可減輕辦案負荷，當上檢察長則幾乎不辦案，高檢署檢察官除了內亂、外患、妨害國交等罪，也幾乎不辦案，最高檢察署的檢察官則完全與偵查脫離，龐大的案件量都在地檢署檢察官身上，檢察官自然以離開地檢署為目標，檢察行政系統也得以利用這種念頭，控制檢察官。面對外界呼籲改善，法務部提出活化地檢署與高檢署檢察官輪調的提案，最後通過「建立以歷練為前提的審級輪調制度」的決議。
改革主張：
法務部提案，高檢署人力配置，應避免勞逸不均，在高檢署未隨審審判系統扁平化前，法務部將鼓勵有辦案經驗與能力的檢察官留在地檢署服務。
李佳玟本來的提案有4項具體作法，包括：1.地檢署檢察官調升高檢署檢察官應全改為3年期的歷練職、2.高檢署檢察官歷練3年期滿，經人事考核後，應分別派往6都地方檢察署擔任黑金組主任，或調派法務部主管、執行署首長、廉政署、駐金管會，或調最高檢察署研究，或回任地檢署繼續辦案、3.在6都地檢署黑金組主任的經歷作為各地檢察長選拔的優先條件、4.檢察人事改革應設定明確的改革時程「日出條款」，逐步調整實施。
但李佳玟指出，她的提案是參考林達稍早在媒體提出，讓地檢署與高檢署從「油水分離」變成「活水轉動」的意見。她說，從檢察官論壇可看出這個提案和相關議案蠻受基層檢察官的歡迎，但因林達沒有提案，她也就撤案。
法務部及檢察官代表意見：
馮賢賢批評法務部的提案只說「鼓勵」，太「含糊」。邱太三指出，他沒有辦法提出很具體作法，「主要是因為每個人的看法不同」，檢審會的票選委員會匯集最多人的意見，法務部檢察司也會徵詢意見，作為未來改革方向。 （相關報導： 司改國是會議》司改委員檢討檢察官強制處分權 邱太三：法官也應一起檢討 ｜ 更多文章 ）
林達指出，李佳玟的提案涉及細節，例如要經過幾年歷練等，「可能都必須經過人事的經算」，因此他建議用「綱領、抽象」的提案取代。他的提案主張，為擴展檢察官視野，並加強辦案能力，應活化檢察機關一、二審人事，建立以歷練為前提的審級輪調制度。會議也以林達的提案表決，獲得通過。
