「寶瓶星號」目前共有台灣籍旅客1709名，其他旅客包括18名菲律賓籍、3名馬來西亞籍、3名越南籍，韓國、印尼、緬甸、新加坡籍各1，還有1名陸配。原本衛福部要求「寶瓶星號」在那霸先讓非台灣乘客下船，再返航基隆，但那霸依舊不讓「寶瓶星號」靠岸，該船預計將在8日返航。根據船上通報，目前沒有任何旅客出現發燒症狀。
陳時中表示，未來一旦船隻靠岸，船醫會立即上船進行健康評估、量測體溫，有發燒症狀、以及有中國旅遊史的旅客，會立即隔離並採檢、送驗。只要有一人結果呈現陽性，確診者將送醫隔離治療，其餘旅客都要留船隔離。如果檢驗結果均為陰性，全船旅客可回家自主管理。
值得注意的是，6日晚間被日本拒絕入境的「威士特丹號」，曾在4日上午停靠高雄港，直到5日傍晚才離開高雄。就是這個時間船上有38人出現發燒等症狀，高雄港務局雖然沒有讓身體不適者下船，但仍有超過千名旅客到高雄遊玩。「威士特丹號」離開高雄後，取消了基隆與石垣島的後續航程，準備直接駛往那霸，但遭到日本政府拒絕停靠、乘員也不准入境。
根據高雄港務局的聲明，「威士特丹號」是在2月4日7點靠泊高雄港、2月5日16點離港，共載運1458名旅客、802名船員。高雄港在郵輪靠泊後，曾請疾管署登輪訪談船醫，確認無新型肺炎疑慮、14天內無中國旅行史、非中國籍乘員後放行下船。根據了解，當時旅客可能前往高雄棧庫群、蓮池潭、佛光山。但4日當晚中央宣布「14天內停靠過中港澳的郵輪不得進入台灣港口」，5日就沒有再讓旅客下船。
