已經解密的檔案，民眾能否查閱，還要再個別審查？！外交部對其移轉至國史館的檔案有此規定，造成研究者極大不便。有人申請已超過3個月，還沒有回音，有畢業壓力的研究生不敢冒險，選擇論文題目特別小心，還有人抱怨，只要有關釣魚台的檔案，都被以事涉機密為由打回票。國史館16日指出，近日將行文外交部，期望外交部檢討相關規定，加快檔案開放應用的速度。
外交部同意開放 僅約30-40案
歷史研究者陳昱齊指出，國史館典藏的外交部檔案約3.9萬案，其中約1.5萬案年代涵蓋1940-1990年的檔案，申請閱覽時，系統會跳出「本卷經外交部同意概括解密，惟調閱應用需函請外交部審查」的訊息，告知讀者國史館必須將申請案送給外交部審查，外交部同意開放的只有約30-40案。
陳昱齊說，他聽說有研究者申請後，都獲得「無法開放」的回應，他也嘗試申請，但「不敢申請我想看」的，以免跟自己研究相關的檔案被認定禁止開放。他從9月11日提出申請，「到現在都還沒有消息」。
研究者指出：國史館長吳密察上任後才有的規定
有研究者指出，這是國史館長吳密察520上任後才有的規定，以前還可在館內閱覽、抄錄，只有須要列印時，國史館才會送回外交部審查。
國史館編審處處長周曉雯指出，事實上，外交部將檔案移轉至國史館時就已有這個規定，檔案雖都概括解密，但能否閱覽，須再經外交部個案准駁，國史館以往沒有依外交部規定辦理，外交部發現後要求要確實執行規定。周說：「外交部的確用了跟其他機關比較不一樣的方法」，國史館將積極與外交部協調。
根據《檔案法》第22條，國家檔案至遲應於30年內開放應用，有特殊情形，可經立法院同意後延長。然而，現實上並非如此，檔案管理局及各機關為避免檔案的開放應用被認定違反《政府資訊公開法》、《個人資料保護法》等法律規定，准予閱覽前都會依其制定的施行細則「遮掩、抽離」相關資訊。
陳嘉君：超過30年的檔案，都是全民財產
施明德文化基金會董事長陳嘉君多年來就持續批判檔管局據以辦理的施行細則違反《檔案法》第22條，妨礙白色恐怖歷史真相的揭露。陳嘉君11月接受《風傳媒》訪問時指出，至今沒有任何一份檔案經立法院決議延長限制開放應用的年限，「我們中華民國所有超過30年的檔案，都是全民的智慧財產，走進檔案局，不需要給任何理由，我們都可以看」，這才是《檔案法》的精神。
而外交部對其檔案開放應用的限制，更甚於檔管局及其他機關。陳昱齊指出，外交部審查的是實質內容，時間拖非常久，且若認定不開放，不是遮掩資訊後再提供閱覽，而是「全案都不能看」，這樣「概括解密等於沒有意義」。
研究海外台獨運動的陳昱齊說，他過去的研究，到檔管局等機關申請檔案，也要等很久，因為他們要處理遮掩個資等作業，但「能等得到，都是小事」，如果申請外交部檔案，等候許久卻不能看，「豈不是會崩潰」；他因此只能先擱置後續的研究，等外交部改變規定，或等檔案從國史館移轉到檔管局後再申請，外交部的做法讓研究者處於非常不確定的狀態，「都什麼年代了，研究者竟然還要擔心，因為檔案需經審查，可能被駁回，就不敢申請，研究就必須擱著。」
碩博士生寫論文 先考慮檔案可及性
面對研究檔案的困難，有研究司法史的歷史學教授透露，她沒有畢業壓力，有時間「熬」，但碩博士生研究論文題目，就要考慮相關檔案的可及性；她知道有人申請60-70年前的釣魚台檔案，凡與釣魚台相關的，都以「事涉機密、不宜公開」為由遭駁回，「我們都開玩笑地說，是不是應反過來講，檔案事涉機密，但已超過30年，可以公開」，檔案管理機關應該「反轉思考」。
外交部回應：避免有違《檔案法》規定
外交部對此回應指出，外交部移轉至國史館的檔案是1979年前的檔案，依《國家機密保護法》，均已超過最長30年的保密期限，外交部已同意全數概括解密；然而，依據《檔案法》第18條，檔案若有關係到國家機密、犯罪資料、人事及薪資資料、其他為維護公共利益或第3人之正當權益等7種情形，可以拒絕外界申請查閱應用，因此，為求審慎，避免有違《檔案法》第18條規定，才請國史館在外界申請閱覽應用時，先函外交部予以個別審查。
外交部指出，資訊開放應用是政府既定政策，為簡化行政流程及縮短審查所需時間，外交部將協調國史館研議修訂申請閱覽及應用相關檔案的流程。
周曉雯16日受訪指出，《檔案法》第18條是可引用的依據，但外交部每案都要審查的確是「有點曠日費時」，國史館已聯絡外交部，近日將正式行文，讓外交部能內部簽辦檢討此規定，「我們希望至少某個年代前已經解密的檔案，在檢視有無個資問題後，就可提供閱覽」，但主要還是要看外交部的意見。
