崇尚受苦接近上帝 病患未獲妥善照料
1981年，記者問德蕾莎修女：「您是否教導窮人應該忍受自己的命運？」她回答道：「我認為，窮人認命並與耶穌分享痛苦是很美好的事。我認為，窮人受苦對這個世界大大有益。」
美國記者希金斯（Christopher Eric Hitchens）擔任1994年紀錄片《地獄天使》（Hell's Angel）的共同編劇與製作人，他在片中批判德蕾莎修女頌揚「受苦可接近上帝」的信仰，卻不提供適當的醫療照護給病患，甚至禁用止痛藥，許多病患死前都承受極大的痛苦。
紀錄片《地獄天使》
然而，崇拜貧窮與痛苦的德蕾莎修女晚年生病時，卻選擇前往世界一流的美國加州醫院接受治療，這也是她受到外界批評的其中一個原因。
查克拉巴蒂（Chhanda Chakraborti）擔任加爾各答仁愛傳教修女會與垂死之家的志工多年，她駁斥那些批評者的說法：「那些說法都是胡說八道，那些批判者都在說謊，垂死之家收容瀕臨死亡的人，其中大多數都重獲生命。」仁愛傳教修女會發言人庫瑪（Sunita Kumar）說，垂死之間為窮人中的窮人提供基本照護。
全球捐款湧入 帳戶金流卻不透明
仁愛傳教修女會收到來自世界各地的捐款，外界認為這些錢應該用來蓋醫院、設學校、提升設備，但德蕾莎修女從來不曾公開帳目，這也是她受到外界抨擊的原因。
德蕾莎修女成立的加爾各答孤兒院院長說：「資金持續流入，我們每天餵飽每一張飢餓的嘴，這就是愛的奇蹟。」
但批評者認為，全世界超過100個國家都有仁愛傳教修女會的分會，這個慈善組織應該像紅十字會或樂施會（Oxfam）等其他慈善組織一樣財務透明。岡薩雷茲說：「為什麼不用相同標準檢視這個組織？他們打著宗教大旗，就有免死金牌：因為梵蒂岡深具影響力，所以他們就有免死金牌。」
奇蹟治癒罹癌婦女？封聖神蹟遭質疑
印度西孟加拉邦的50歲鄉下婦女貝思拉（Monica Besra）是天主教廷認證德蕾莎修女的第一項神蹟。1998年9月4日、德蕾莎修女辭世1週年時，仁愛傳教修女會2名修女扶著腹部長了惡性腫瘤的貝思拉到祈禱室，她看見德蕾莎修女的照片忽然發出讓人目眩的光，這道光貫穿她的身體，修女拿著鑲有德蕾莎修女照片的獎牌綁在她腹部，貝思拉說因為生病而經常失眠的她那晚睡著了，半夜1點醒來時，看見肚子的腫瘤消失了，身體輕鬆了許多，也不再疼痛。
When all else failed, #MotherTeresa saved me: bengal's Monica Besra to @Journopol https://t.co/SGDck1xqWu pic.twitter.com/nSTsPd2Rs0
— Hindustan Times (@htTweets) 2016年8月29日貝思拉聲稱德蕾莎修女治好了她。
貝思拉說：「我吃了醫生開的藥，吐了出來，非常痛苦。但當我虔心向德蕾莎修女祈禱，她保祐了我，現在我很健康，我與村子裡的人都很高興她將獲得封聖。」
然而，批評者質疑這項神蹟，他們認為治癒貝思拉的是現代醫學，而不是神蹟。2002年，貝思拉的丈夫接受《時代》雜誌（Time）訪問時，也表示妻子的病是現代醫學治好的，而不是神蹟發威，但他後來又改口，宣稱是德蕾莎修女大展神蹟，治好了他的妻子。
mother Teresa cured cancer patient monica besrahttps://t.co/ODd4G8Mhpn pic.twitter.com/Y1zt9c7mKb
— Dear Peter (@ENewsReporter) 2015年12月21日貝思拉聲稱德蕾莎修女治好了她。
有些醫生表示，貝思拉罹患的疾病根本不是惡性腫瘤，而是結核病造成的囊腫。
