中央研究院院長翁啟惠，不論辭職獲不獲准，院長之職已是過去式，一個自陷於產官學糾葛利益泥淖中的人，已失去絕對的社會崇隆高度，成為台灣甚至世界學術與生技之恥，就算返國道歉也為時已晚。
中央研究院是台灣學術研究最高殿堂，一如耶路撒冷是宗教最潔淨的聖殿般絕不可褻瀆，學界在追求學位與教授升等的過程中，必須不斷出席研討會、發表論文、爭取輔助或獎學金，中研院就是仰之彌高的標竿。因此中研院院長何等神聖與崇高，前故院長胡適的高風亮節亦宛如暗夜中的一盞明燈，照亮每一位學術研究者在求知解惑過程中的寂寞坎途。如今翁啟惠玷污了皇后的貞操，真讓人情何以堪？。
翁啟惠在中研院管轄31個研究所、265位院士，指導過的學生及博士後研究人員逾三百人，迄今已發表超過700篇學術論文，100項以上專利，並出版4本有關酵素有機合成與化學生物方面的參考書，成就斐然。院士囊括聲譽卓著的楊振寧、許倬雲、李歐梵、王德威……等國際頂尖學者。
翁啟惠原處於社會階級的最高峰，擁有最大的權力與最多的資源。一如米爾斯（C. Wright Mills）在《權力菁英》（The Power Elite）中描述的： 「他們掌控現代社會最主要的階層與機構，他們經營大企業，主導國家運作機制並享有其特權，指揮軍事體制。在社會結構中，他們是策略層面的號令者，其地位也正是權力、財富與名聲的核心。」
菁英（elite）意指「卓越的、高貴的、出類拔萃的」是「最好中的最好」（the best of the best），更何況集學術權威科技權威於一身的翁啟惠，更是菁英中的菁英，the top of the best of the best，他是擁有奪諾貝爾獎聲望的高級知識份子中的超卓越菁英。這也是為何當年台灣為他修法特允許雙重國籍禮聘回國的原由，但他已失去了菁英的高貴、知識份子的風骨以及中央研究院長的典範。
2009年6月10日翁啟惠於「余紀忠講座」時說道：
「在一個價值分歧多元的時代，社會大眾總是對知識分子寄予厚望，希望他們能挺身而出，發揮社會良知，因為學者是社會成員中擁有最多專業知識的人，也應該最能從公共利益的角度思考國家方向。學者的專業知識，使他們的判斷具有權威性，而其公益角度，則使他們的建言具有公正客觀的性質，學術研究因此擔負著引領政策走向與形塑社會議題的責任」
什麼是知識份子？艾德華‧薩依德（Edward W. Said）認為「從事批評和維持批判立場是知識份子生命重大的面向」。愛德華‧希爾思（Edward Shils）在《知識份子與當權者》中亦指出：知識份子「始終必須與教會、國家和政黨，以及商人與軍人們做鬥爭，這些組織和人一直力圖招納他們為其服務，如果他們不屈從於誘惑和威脅，便箝制他們的言行，乃至懲罰他們。當前的情況與過去相似，知識份子的職責也仍然相同：那便是服務於他們所發現和確立的準則，並在不放棄他們正業的情況下，找到一條參與凱撒之事的道路。」
