SOGO條款，徐旭東、李恆隆各自解讀
不過，柯建銘表示，中資能投資哪些項目，在《兩岸人民關係條例》、《外國人投資條例》中都有正面表列，而且大同是中資可以正式投資的對象。他說：「真正動搖國本，幫中資開後門的，其實是院版增訂的第一九三條之一『普通董事有公司資料查閱權』這條。」柯建銘認為這是這次修法「重中之重」，行政院增訂這個條文，原本意在強化公司治理、簿冊、買委託書提案等，但若不慎防，將讓台灣企業機密門戶洞開。
柯建銘解釋，如果董事以執行業務之名，即可隨時查閱、抄錄或複製公司業務、財務狀況及簿冊文件，公司不得規避、妨礙或拒絕，中共要竊取像是台積電等半導體機密更加簡單，只要買一席董事就能查閱，這無異引狼入室，營業祕密要如何保護？
「全世界都在保護營業祕密，我們卻要讓董事會的門戶大開？」「『阿共仔』只要收買一個董事就好，祕密全都露！」柯建銘在當天行政院召集會議分析後，賴清德親自指示刪除該條文。
至於SOGO條款，戰火更是延續十七年前的徐旭東與李恆隆之戰。
一位重量級綠委直言，立院幾乎所有黨派立委都在這條「參」進去，看看審查過程中誰提過什麼案子就知道。SOGO條款的爭執點在於修法後能否溯及既往，其實與一開始朝野立委提案的版本差異不大，修法中一度有藍委擬將「回溯條款」明確入法，隨即又撤案。
然而，條文通過後，有報導稱是徐旭東大勝，因為條文不溯及既往；李恆隆也在條文三讀後對外表示，就是因為條文沒寫不能回溯，將依照該規定向經濟部提撤銷太平洋流通（太流）增資變更登記，拿回SOGO經營權。這個條文留下各自解讀空間。
至於在修法前，前立委陳唐山曾帶著李恆隆找過許多立委陳情，陳被視為是李恆隆派。
陳唐山受訪時並未否認曾帶李找過立委，更直言他不怕被貼標籤，只是堅持對的事，但經濟部、行政院都聽不進去。他說之前每次去陳情，經濟部都是偏袒另一方，連行政院都不給李恆隆陳情。陳唐山說，修法結果至少可以讓李恆隆有再次提出申請的機會。
兩爭議條款後續還有得玩
然而，《公司法》修正案三讀過關後，延長賽才正要開始，焦點的SOGO案與大同經營權保衛戰各有後續發展。李恆隆將繼續提撤銷申請；大同條款也因為與《證交法》不同調，出現修法漏洞，因為《公司法》中，「大同條款」設下持股三個月的限制，可自行召集股東臨時會，《證交法》則無持股時間限制，但須請求董事會召開。未來公司派如何與市場派繼續打這場經營權保衛戰，精彩可期。
