北農元宵節連休三天事件，讓農委會與掌握農產品產銷體系的全國農會，關係再度陷入緊張關係，農委會日前研議修改《農會法》，調整農漁會每年盈餘4%（2600萬元）上繳全國農會規定，現在，農委會準備針對《農會法施行細則》，農業金庫每年盈餘提撥13%「各級農、漁會輔導及推廣事業費」部分，也進行調整，以農業金庫每年盈餘近10億元估算，張榮味家族所掌握的全國農會體系，未來每年將少掉6000多萬元的推廣預算分配權力。
去年農漁會改選，民進黨面對基層實力雄厚的張榮味家族，仍然敗下陣來，由於農漁會派系化問題，影響到農委會相關政策的推動，包括最近農委會推動「人地脫鉤」，讓佃農可以投保農民保險政策，地方農會實際受理過程，仍然以青農名下沒有農地為由拒絕，農委會主委林聰賢在立法院詢答時表示，地方農會拒絕受理青農投保，部分原因可能是擔心「會員被稀釋」，農會內部有「壁壘」的問題。
由於農漁會不像水利會一樣是「公法人」，政府基於社團自治，對於農會社員入會難以置喙，但相關農業政策，又得透過農漁會協助推廣，因此在處理基層農業金融議題上投鼠忌器，曾任二屆雲林縣長，與張榮味家族長期對峙的立委蘇治芬，就對於農委會處理基層農漁會態度常有不滿。
蘇治芬要求下 農委會修改農會人事管理辦法 「甲等」以上的比率已降至3成
在曹啟鴻擔任農委會主委時代，蘇治芬在立法院公開批評，雲林東勢農會改選遭派系把持，當時曹在答詢時表示，（農會派系把持）是經年累月現象，但農漁會的黨派性格，已經逐漸消退中，屏東縣過去農漁會也派系傾軋，他在當縣長時不捲入派系鬥爭，而是以鼓勵各方做事方式推動改革，扁政府有農業金融大改革，當時各地農漁會罵歸罵，負債歸零重新站起來，大家都很感謝。
不過，蘇治芬對於農漁會的監理過於寬鬆，導致全台農會總幹事竟然有77%被農金局評為績優，仍頗為不滿，在蘇治芬的要求下，農委會最近修改了《農會人事管理辦法》，針對農會年度決算有盈餘，但帳上仍有累積虧損者，年度考核均不得考列甲等以上，農金局官員表示，農委會修改規定後，去年度全台農會總幹事被評為「甲等」以上的比率已降至3成。
據了解，北農事件後，由於農委會方面認為全國農會所掌握的農產品產銷體系，並未負起應有的調節功能，歷年相關補助，也沒有投入蔬菜產地「冷鏈體系」的投資，目前準備減少全國農會在農漁會輔導，以及農產品推廣上的資源分配權限，除了《農會法》可能修正外，目前包括《農業金庫法》、《農會法施行細則》，都在檢討的範圍。
