轉型正義「政治性濃厚」 司法院只能尊重
在5月16日的司改國是會議上，討論由人權公約施行監督聯盟召集人黃嵩立、桃園地方法院法官毛松廷等人共同提出的相關提案時，司法院副院長蔡炯敦就先聲明，轉型正義相關問題的「政治性相當濃厚」，司法院內部溝通後，決定不對此表示看法，但只要政治部門建構的制度符合《憲法》，司法院會「尊重」，他作為司法院的代表，表決相關提案時，他將棄權。
代表司法院列席會議的行政廳副廳長林三元也說，相關議題涉及高度政治性，司法院不便表示意見，而戒嚴時期的軍事審判又與國防部有關，司法院也不適合發言。對於林三元的說法，中正大學哲學系教授謝世民說，他聽不太懂為何其中的關連，不過，林三元也沒有再提供更多的解釋。
也列席會議的司改籌委、同時也是籌辦第3屆模擬憲法法庭的前大法官許玉秀指出，從司法院代表的談話中，正好可以看出推動轉型正義的困難。
許玉秀說，轉型正義是人權問題，「把人權與政治性連結，比較像是中國那樣的國家」。她說：「全面的問題是，白色恐怖的陰影還沒有遠去，是不是？我們對所謂的人權問題，沒有自信，從人權去解決，放這1組討論，就是人權問題。這個時候會思考其他因素，正一點正好是轉型正義的艱難」。
該組決議建議政府為相關受判決人創設特別救濟途徑，以妥速研議符合我國轉型正義需求，且具可行性的救濟途徑及其負責機關，可採取成立「特別委員會」的組織方式，由專家學者、律師、社會公正人士等具備轉型正義涵養的人士，以及法官及檢察官組成，以借重司法人員專業，提升審查程序的保障。
司改國是會議籲建立特別救濟、法院上訴雙軌制
在討論中，毛松廷說，要尋普通法院救濟，除了考量對司法的負荷，也要考量司法的本質，法院是講求嚴謹程序、證據法則的地方，審判需要耗費相當時日，難以大量、快速的救濟，以具準司法權的特別委員會處理，會較有彈性。
該組也同時決議建議政府開放司法救濟途徑，修訂《國家安全法》第9條第2款，以及《國家賠償法》第13條，允許相關的受判決人及其家屬經由法院程序提出上訴，尋求平反、賠償，回復被沒入的財產。
張文貞：應讓普通法院有重新檢視軍法判決的機會
也是該組委員的台大法律系教授張文貞在討論時指出，《國家安全法》第9條第2款的制定使戒嚴時期的軍事判決，在解嚴後從來沒有被普通法院檢視的機會，如果有這樣的機會，或許人民對司法的信賴會改善許多；她支持創設特別救濟途徑，但也認為，建立並肯認戒嚴前之軍法審判在解嚴後應讓普通法院重新檢視的正常法治制度是重要的，即便只有零星個案，仍應打開上訴的救濟途徑。
關於受判決人的權利回復，必須同時修改《國家賠償法》第13條，則由該組委員李念祖提出。他指出，該條文豁免國家賠償的責任，留下公務員的責任，是聲請國家賠償的最大障礙，如果不修法回復國家賠償的責任，依照《民法》186條，受判決人獲得平反後將可向公務員求償，這不會是司法人員樂見的。
