90年8月，高院吳燦法官(現為最高法院法官)承審某槍砲案，因不同意審判長及陪席法官的量刑，而以判決書附錄的方式，檢附其不同意見書於後，此應屬全國首例公開檢附在判決書上的不同意見書。
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96年6月，高雄地院在高雄市長陳菊當選無效案的判決中，承審法官古振暉亦在判決書最後檢附不同意見書(陳菊應當選有效)，以明其志，轟動一時。嗣後認定陳菊當選無效的地院判決遭高院所廢棄，結論與地院不同意見的法官相同。
100年4月底，一樣是政治案件，但這次不是承審法官占少數，而是雲林地院審判長吳福森在蘇治芬被訴貪污案的判決書後檢附不同意見書(認定有罪)，雖當時引起媒體議論，但之後高院及最高法院仍維持一審的無罪判決而告確定。
實務上，不同意見的提出雖屬少數，但從以上的案例可知，不同意見的提出無可避免地會成為新聞鎂光燈的焦點，形成法官間之猜忌，也易啟人疑竇，進而削弱司法裁判的威信，使紛爭難以平息(如受不利方以不同意見之理由提起上訴)。反之，不同意見的提出，亦有確保法官良心、促進司法多元對話空間、助於憲法成長與法律進步、使敗訴當事人較易接受裁判的結果等優點。然而，不同意見書的提出，是否會違反前述之「評議秘密原則」呢？
提出不同意見書會牴觸「評議秘密原則」嗎？
有論者(注1)認為，雖然88年召開的全國司改會議，曾就評議應否公開、可否附記不同意見書有所討論，且最後結論是「司法院應研修相關法律規定，使訴訟當事人得依法閱覽評議記錄，同時研究使利害關係人亦得閱覽評議記錄之範圍及其可行性」、「最高法院之判決得附記不同意見書」（司法院，全國司法改革會議實錄下冊，977-1009、1664-1665頁），因而在90年修正通過現行法院組織法第106條之「評議秘密原則」。
爾後，司法院雖於同年間所研擬修正的民事訴訟法第226條第5項、刑事訴訟法第398條之1中，均已規定：「法官於評議時所持法律上之意見與多數意見不同，經記明於評議簿，並於評決後三日內補具書面者，應予附記」（司法院公報，44卷10期，143頁）。
不過，立法委員在審查前述民事訴訟法修正案時，認為判決附記不同意見書，易啟當事人上訴之端，決議不予增訂（立法院公報，92卷2期，293-294頁；92卷7期，178頁）。而因法官依法獨立審判需受立法者於立法過程中所表達的「立法者意思」拘束，故而得出不得附記不同意見書的結論。
「評議秘密原則」的真諦：維護法官獨立審判原則
惟有學者(注2)為文闡釋「評議秘密原則」之意義，並將此區分為「進行式」守密與「過去式」守密的解釋。換言之，前者乃評議進行時的絕對不公開，後者，則係判決結束後可視情況公開其評議過程。
