和民進黨競爭的國民黨有被殲滅的危機，但和民進黨合作的小綠政黨也未必好過，2016曾和民進黨共組大聯盟的時代力量，只因黃國昌踢爆私菸案，面臨經濟部清算查帳的風險，換句話說，在聯盟內只能由民進黨當老大，小黨除了自願或被動的當側翼外，基本上沒有自主空間。
可以說，在蔡政府之前藍綠惡鬥已是政黨常態，兩大黨都要負一點責任，但是蔡英文上台後，政黨關係己嚴重失衡，蔡英文連任後是否繼續追殺在野黨，完成一黨獨大的政黨使命，是安定表象外另一個令人憂慮的因素。
獨立機關淪喪：最明顯的例子是NCC，NCC握有對電子媒體裁罰權及發照的生殺大權，本應超乎黨派獨立行使職權，但行政院長之怒竟可令有任期制的主委下台，接下來NCC又依行政體系之命多次處罰不聽話的媒體，裁罰更是兩套標準，輕放和執政黨顏色相近的媒體，已難符獨立之名。
最嚴重的當然是監察院，同樣應超乎黨派的監察院，在這一任運作中分成「馬系」及「蔡系」監委，複製立法院的藍綠惡鬥，更嚴重的是，本應追究官員違法失職的彈劾權，最後卻淪為追殺「政敵」或遂行報復的工具，從管中閔案到曲棍球案都可看到斑斑鑿痕。
這樣的監察院早無當年追查江國慶案、為民伸冤的正氣，當然更令人生懼的是，蔡英文若連任後2020掌握29位監委提名權，屆時綠營若仍有國會多數，29位監委全為「蔡系」監委，只怕監察院肅殺之氣更濃、離人民更遠。
法治遭侵蝕：公懲會這次審查管中閔兼職彈劾案，竟然不尊重媒體專業，而自行擴張法律解釋，認定長期為媒體寫評論為「新形態的兼職」，「只要業務行為時與本職的性質或尊嚴有妨礙者，即屬非法兼職，國家得以究責。」這些說明完全超乎公務員服務法14條的規定，而且難掩羅織痕跡，公懲會已不是適用法律，而是為管中閔彈劾案量身訂作新法，法治精神蕩然無存。
所以，蔡英文連任後會比較穩定的意義值得深究，如果現在的民進黨已有一黨說了算的獨大傾向，當民進黨一黨掌握五院時台灣的民主是更多元還是更為一黨獨大服務，連任後的蔡英文及民進黨政府有可能認定已拿到人民的授權可以為所欲為，這才是蔡英文連任後最令人憂慮的事。
