大巨蛋案從去年到現在一年多，為什麼要拖這麼久？其中一個關鍵，其實就在於柯文哲於今年4月份對市議會民進黨團表示：「遠雄背後有馬英九在撐腰」，柯當時雖是以帶有情緒性的口氣說了這句話，但這其實也是他心中真正所想，也是對大巨蛋一直按兵不動的原因。在等待要不要與遠雄終止合約的這三個月期間，柯文哲歷經了各種搖擺與忐忑失眠，最終，恐仍是輸不起的訴訟，以及孤立無援的大巨蛋後路，讓柯文哲選擇退讓。
馬英九時代立下不平等條約，市府沒有制裁遠雄工具
柯文哲認為，大巨蛋案的BOT興建營運契約起於前市長馬英九，當時締下的不平等條約，遭到監察院糾正39項（共41條），指出當中有多處在議約過程中，刪除了作為契約甲方（市政府）的同意權，以及監督權，也放寬乙方（遠雄）的義務、增加有利於遠雄的條文，讓市府受限於契約，綁手綁腳，加上工程界有先不按圖施工，竣工申請使照時再闖關變更設計的陋習，這些都讓市府覺得，能用於制裁遠雄的工具，少得可憐，甚至連罰款也只能罰到最多300萬，依約要制裁遠雄，一點辦法也沒有。
北市府曾想透過「修約」的方式，破除不平等條約的限制，也確實就這方面與遠雄密切接觸，在雙方關係尚未惡化的去年1月30日，遠雄來文市府，同意修正25條，並就履約保證金、營運權利金、土地租金等，表示願意進行協商，甚至願意給回饋金，作為替代契約中權利金為0的補償，雙方分別在5月、7月進行協商，就連修正後的條文也已逐項列出。然而，事情卻急轉直下，去年11月，遠雄竟突然告知市府，僅同意25項中的7項，之前答應市府要修改的履約保證金、營運權利金、土地租金，也不翼而飛。
這些交手的過程，讓北市府覺得難以接受，柯文哲更認為，大巨蛋會到今天需要他來收拾麻煩，都是締約者馬英九惹的禍，但當時馬仍為總統，柯便認為，「遠雄背後有馬英九在撐腰」，因此，見蔡英文當選總統有望，便暫時按兵不動，一切等待蔡於520就職總統後，希望能聯手中央，進入與遠雄對峙的下一步，方有勝算。
因此，當蔡上任後，柯也立即拜會行政院長林全，希望中央給予支持，據了解，林全給了支持的正面回覆，拿到保證後，柯文哲於6月8日發文遠雄，要求遠雄於1個月內表態、3個月內改善完成，且強硬表示，若遠雄沒達標，就要了斷（終止契約）處理，態度毫不搖擺，但中央似也沒有柯想的相助甚力，因此，柯退而希望，中央至少「保持中立」即可。
銀行團、財團無意接手大巨蛋，市府終約缺後援
銀行團與第三方接手財團的態度，也是柯市府考量與遠雄對弈的重要考量，關係著與遠雄終約後，政府對大巨蛋工地責無旁貸的責任。因為按照契約19.4.2條規定，乙方屆期（市府按工程慣例設下3個月時間）未改善或改善無效，甲方得通知融資機構暫時接管，因此，去年，北市府便曾將銀行團成員們全數邀入市府會商，但當時，包括兆豐、台銀、土銀等均表示，工程非銀行團的專業，且銀行團也無接管工地的前例，拒絕接手，今年4月，兆豐也再度主動跟市府詢問大巨蛋近況，但也僅僅表達關心之意，拒絕接手的立場並無動搖，加以傳得沸沸揚揚可能接手的第三方財團富邦、中信等，在財務評估後，也並無意接手，讓柯文哲頓失終止契約後的有力支援。
時序來到9月份，柯文哲開始陷入長考，面對即將到來的9月8日大限，柯文哲在與媒體餐敘時，透露有因為巨蛋案睡不著覺，這與柯平日大口吃飯、倒下便睡的外科醫師性格大不相同，可見，柯真正為了大巨蛋，輾轉反側，煩惱不已。
終約後遠雄必提訴訟，市府憂不平等條約綁手腳
不過，最終讓柯決定暫不終約的關鍵，恐怕還是終約後的一連串麻煩事。首先，府內推演過，終止契約的理由，將按照合約19.3.3條「施工進度嚴重落後」、19.3.4條「工程品質重大違失」，再加上19.3.7條「缺失逾期（市府定3個月）未改善」為之，然而，遠雄勢必會提出不服市府片面終止契約，以此提出不服之仲裁或司法訴訟，但遠雄也有反駁的理由，讓市府評估，因為不平等條約在先，會輸掉爭訟，終約一出口，爭訟一開打，便無回頭路，柯競選2018市長，也注定與大巨蛋綁在一起。
就「施工進度嚴重落後」一項，市府認為，遠雄未於契約所定之期限內完成工程，即便加入仲裁後給予的110天展延，遠雄仍未於2015.4.17前完成興建及取得使照；但遠雄聲稱，尚有工期展延1452天在仲裁中，北市府卻在仲裁尚未出爐就片面終止契約。市府評估，若遠雄再取得仲裁中展延勝利，市府未必站得住腳。
其二，就「工程品質重大違失」一項，市府認為遠雄違反《促參法施行細則》48條，擅以變更後之圖樣施做，而79處主要構造變更，違反《建築法》39條未依核定工程圖樣及說明施工，且於2015年12月後，便再無遞件跑建照變更程序；但市府也判斷，遠雄會聲稱，北市府七項公安基準是私設刑堂、於法無據，便想用來審理大巨蛋，且變更建照仍在台灣建築中心審查中，程序都還沒跑完，市府不能據以斷定巨蛋工程品質違失。這一點，遠雄也未必會全輸。
訴訟無把握，更缺乏奧援，這些都成了柯文哲選擇不終止契約的核心原因。
