同世界上大多數國家一樣，中國堅持政教分離原則。任何宗教不得干預政治、干預政府事務，不得利用宗教干預行政、司法、教育、婚姻、計畫生育等，不得利用宗教妨礙正常社會秩序、工作秩序、生活秩序，不得利用宗教反對中國共產黨和社會主義制度、破壞民族團結和國家統一。
新疆全面貫徹國家宗教信仰自由的憲法原則，既尊重信仰宗教的自由、又尊重不信仰宗教的自由，決不允許在信教和不信教、信這種教和信那種教、信這一教派和信那一教派群眾之間製造紛爭。新疆始終堅持各宗教一律平等，對所有宗教一視同仁，不偏袒某個宗教，也不歧視某個宗教，任何宗教不得享有超越其他宗教的特殊地位。新疆始終堅持法律面前人人平等，信教群眾和不信教群眾享有同等權利、履行同等義務，無論什麼人、哪個民族、信仰什麼宗教，只要違法，就必須依法處理。
同所在社會相適應是宗教生存發展的趨勢和規律。中國宗教發展的歷史證明，只有堅持中國化方向，宗教才能更好地與中國社會相適應。新中國成立70年的歷史也證明，宗教只有與社會主義社會相適應，才能健康發展。必須堅持獨立自主自辦原則，防止一切「去中國化」傾向。必須大力培養和提倡世俗化現代化的文明生活方式，摒棄愚昧落後的陳規陋習。必須弘揚宗教中國化的歷史傳統，用社會主義核心價值觀引領、用中華文化浸潤中國各種宗教，努力把宗教教義同中華文化相融合，積極引導包括伊斯蘭教在內的各種宗教走中國化道路。
七、伊斯蘭教不是維吾爾族天生信仰且唯一信仰的宗教
維吾爾族先民最初信仰原始宗教和薩滿教，後來相繼信仰過祆教、佛教、摩尼教、景教、伊斯蘭教等。唐宋時期，在高昌回鶻王國和于闐王國，上至王公貴族、下至底層民眾普遍信仰佛教。元代，有大量回鶻人改信景教。直到今天，仍有一些維吾爾族群眾信奉其他宗教，也有許多人不信仰宗教。
伊斯蘭教傳入新疆地區，與阿拉伯帝國興起和伊斯蘭教由西向東擴張有關。維吾爾族信仰伊斯蘭教，不是當時民眾主動改信和轉型，而是宗教戰爭和統治階級強制推行的結果。雖然這種強迫並不影響今天尊重維吾爾族群眾信仰伊斯蘭教的權利，但它是一個歷史事實。伊斯蘭教既不是維吾爾族天生信仰的宗教，也不是唯一信仰的宗教。
新疆的維吾爾、哈薩克等民族的先民在接受伊斯蘭教過程中，既保留了這些民族原有的信仰和文化傳統，又吸收了新疆地區其他民族和內地的文化，一些原有的宗教觀念、儀式、風俗習慣經演化得以存續，並相互影響，逐漸形成了具有鮮明地域特徵和民族特色的新疆伊斯蘭教。例如，伊斯蘭教原本反對崇拜安拉之外的任何人或物，但維吾爾等民族至今仍有麻扎崇拜，這是伊斯蘭教本土化最典型的表現。在麻紮上立高桿、掛旗旛、懸羊皮等習俗，則是薩滿教、佛教等多元宗教的遺存。又如，始建於乾隆年間的伊寧拜圖拉清真寺、烏魯木齊陝西大寺等，在修建時採用了內地傳統樑柱式結構。這都是伊斯蘭教中國化的具體表現。
