1949年中華人民共和國成立，新疆和平解放。1955年成立新疆維吾爾自治區。在中國共產黨領導下，新疆各族人民同全國人民共同團結奮鬥，新疆進入歷史上最好的繁榮發展時期。
在長期的歷史進程中，中國疆土既有割據時期又有統一時期，統一與割據交替循環，國家統一發展始終是主流方向。同中原地區不同時期曾經存在諸侯國或割據政權一樣，新疆地區也多次出現地方政權割據情況，但不論這些政權割據時間有多長、局面有多嚴重，最終都走向重新統一。歷史上，西域不同時期曾經存在的「國」，包括城郭諸國、行國、封國、王國、汗國、王朝、屬國、朝貢國等形態，無論是漢代西域三十六國，還是宋代喀喇汗王朝、高昌回鶻王國等，元代察合台汗國，明代葉爾羌汗國，都是中國疆域內的地方政權形式，都不是獨立的國家。即便是地方割據政權，也都有濃厚的中國一體意識，或認為自己是中原政權的分支，或臣屬於中原政權。宋代著名歷史文獻《突厥語大詞典》將當時中國分為上秦、中秦和下秦3部分，上秦為北宋，中秦是遼朝，下秦為喀什噶爾一帶，三位一體為完整的秦。在《長春真人西遊記》中漢人被稱為桃花石，相應在《突厥語大詞典》詞條裡，回鶻人被稱為塔特·桃花石，也有的直譯為中國回鶻人。在喀喇汗王朝錢幣上，常有桃花石·布格拉汗、秦之王以及秦與東方之王等稱呼，標示是中國的一部分。
二、新疆從來不是「東突厥斯坦」
突厥是6世紀中葉興起於阿爾泰山地區的一個遊牧部落，於552年消滅柔然汗國，建立突厥汗國。583年，突厥汗國以阿爾泰山為界，分為東、西兩大勢力。630年，唐朝發兵擊敗東突厥汗國。657年，唐朝聯合回紇滅西突厥汗國，中央政權完全統一西域。682年，安置在北方的東突厥部眾反叛唐朝，一度建立了後突厥汗國政權。744年，唐朝與漠北迴紇、葛邏祿等聯手平定了後突厥汗國。回紇首領骨力裴羅因功被冊封為懷仁可汗，在漠北建立回紇汗國。突厥作為我國古代的一個遊牧民族，也隨著汗國的消亡於8世紀中後期解體，並在西遷中亞西亞過程中與當地部族融合，形成多個新的民族，新的民族與古突厥民族有本質區別。從此，突厥在我國北方退出歷史舞台。
中國歷史上從來沒有把新疆稱為「東突厥斯坦」，更不存在所謂的「東突厥斯坦國」。18世紀至19世紀上半葉，隨著西方對阿爾泰語系突厥語族各種語言的劃分，一些國家的學者和作家頻繁使用「突厥斯坦」一詞，指代天山以南到阿富汗北部，大體包括新疆南部到中亞的地域，並且習慣以帕米爾高原為界，將這一地理區域分為「西突厥斯坦」和「東突厥斯坦」。19世紀末20世紀初，「泛突厥主義」「泛伊斯蘭主義」思潮傳入新疆以後，境內外分裂勢力將這個地理名詞政治化，將其內涵擴大化，鼓噪所有使用突厥語族語言和信奉伊斯蘭教的民族聯合起來，組成政教合一的「東突厥斯坦國」。所謂的「東突厥斯坦」論調，成為境內外民族分裂勢力、國外反華勢力企圖分裂中國、肢解中國的政治工具和行動綱領。
