高肇被殺後，胡太后露出了淫奢的真面目，又因佞信佛，於洛陽大興土木，狂蓋伽藍（佛寺），包括於 516 年建成的高達 130 米的九層高塔永寧寺以及著名的伊闕石窟。胡太后還公然畜養面首，敗壞朝政。後來又極盡妖冶之事，勾引元懌。元懌無法抵抗，成為胡太后入幕之賓。馮敏得知後十分妒恨，但也無計可施。
孝明帝年紀漸長，對胡太后的惡行十分厭惡。胡太后妹夫元叉當時恃寵擅權，時常受到元懌懲戒。元叉懷恨在心，與討厭元懌的劉騰勾結，暗中向孝明帝輸誠，捏造元懌謀反情事，囚元懌於門下省並殺死他。元懌在死前向劉騰說出了孝明帝的身世真相與密旨事。元懌死後，劉騰於 520 年矯詔囚禁胡太后，並與元叉共同把持朝政。
元叉得勢後愈發張狂，逐漸懂事的孝明帝一直隱忍不發。被囚禁在後宮的胡太后意圖再起，威逼利誘孝明帝寵妃潘外憐在孝明帝面前進讒言。孝明帝被說動後，於 525 年決定與胡太后聯手除去元叉。元叉知情後，由於劉騰於兩年前因病去世，元叉對朝政控制力大減，決定告老請辭，重請胡太后臨朝稱制。胡太后懷恨在心，後來暗中將元叉毒死，同時一直脅迫宮中宦官與嬪妃監視孝明帝。
528 年三月，孝明帝為即將臨盆的潘外憐到永寧寺祈福，回程時經過瑤光寺，遇見了正在誦經的馮敏。馮敏見到已成年的親生子，忍不住與孝明帝相認。孝明帝一時激動，決心動手將胡太后及其黨羽全部殺光。不料他們的對話被孝明帝身邊的秘探偷聽，胡太后得知密報後決定先發制人。於當天晚上潘外憐生下一女兒後，立刻將孝明帝毒死，同時派人到瑤光寺殺死馮敏。胡太后隨後謊稱潘外憐的女兒是太子，並扶持她即位，同時大赦天下，勒令所有孝明帝的嬪妃到瑤光寺削髮為尼。然而三天後胡太后又對外宣布新太子（史稱女帝）是女兒身，另外立三歲的元釗（元愉的孫子）為帝。
胡太后沒料到，孝明帝的寵妃爾朱英娥有一個秘密愛人名叫高歡，是她父親平北將軍大都督爾朱榮身邊的紅人。廢立事發之後，爾朱英娥透過平時傳情的飛鴿告訴高歡真相，高歡立刻告知爾朱榮。爾朱榮見機不可失，立刻扶植孝文帝元宏弟弟的三兒子元子攸為孝莊帝，發兵攻進洛陽，虜獲胡太后與元釗後，將其沈入黃河，後又藉口祭天，將三千余名王公大臣集結在河陰（今河南省孟津縣）以鐵騎包圍，飛矢交加，屠戮殆盡，史稱「河陰之變」。爾朱榮隨即將女兒許配給孝莊帝。高歡則得到了爾朱榮侄子爾朱兆的女兒為側室。
不甘於做傀儡的孝莊帝，於 530 年時趁爾朱英娥即將臨盆時，召爾朱榮及其兒子進宮，在數百名伏兵包圍下，親手將爾朱榮父子殺死。同年十月，爾朱榮堂弟爾朱世隆與爾朱兆擁立元曄，攻洛陽，在佛寺中殺孝明帝，爾朱英娥的新生兒子也被活活摔死。守寡的爾朱英娥後來成為高歡的偏房，與爾朱兆女兒並稱大小爾朱氏。兩年後，高歡擊敗爾朱政權，本欲擁立孝文帝六子元悅為帝，但元悅性好男色，行為乖張，不得軍心，高歡只好另立孝文帝六子元懷的三兒子元修為孝武帝，將女兒嫁給他為皇后。
