前陸委會主委王郁琦在春節前去職，留下未實現的金門王張會及新航路爭議。據知情人士透露，王郁琦以承擔張顯耀案政治責任為由請辭，只是檯面上理由，相關部會對王郁琦對新航路爭議的處置方式不滿，反彈強烈，甚至引發總統馬英九關切，才是導致王郁琦不得不去職的主要原因。
前陸委會副主委張顯耀疑似洩密案，檢方於2月10日做出不起訴處分，王郁琦隨即宣布請辭，為發動此案負起政治責任。而在此之前不過數日，陸委會在金門王張會登場前夕突然宣布，由於兩岸針對中方劃設新航路爭議溝通未獲結果，決定延後兩岸事務首長會談。
錯失斡旋時機 導致陷入僵局
外界原以為張顯耀案與中國劃設新航路為兩起獨立事件，然而據深受馬英九信賴的學者透露，王郁琦因張案不起訴而請辭，只是檯面上理由；導致他去職的主要原因，其實是馬英九及核心國安團隊認為王郁琦處理中國新航路爭議方法失當，導致事態陷入僵局，王郁琦是「不得不離開」。
新航路爭議從一開始便由王郁琦負責處理，馬英九也充分信任；然而隨著兩岸展開溝通，相關部會的抱怨卻不斷傳到府內。據內部人士透露，中方早在公告新航路之前，便透過美方等不同管道告知我方將劃設M503新航路等相關情況，「但台灣方面似乎不在意」，並未立即知會相關部會；而在正式公告前2個月，中方再次藉磋商場合提及此事，陸委會仍未警覺，因此錯失斡旋時機，也讓國防、交通等部會面對中方公告措手不及。
定調國安問題 一發不可收拾
據透露，參與此爭議處理的官員反映，王郁琦在錯失預防新航路爭議的先機後，又在中方逕行公告新航路時，將此事定調在「國家安全」甚至「國家主權」層次，國防、民航部門在1月12日中方公告後立即表達強烈反對立場，立法院更罕見以朝野一致的立場發表態度強硬的聲明，要求中方讓步。
然而對照其他部門主動出面表態，陸委會在同一天的聲明中，不但指稱中方未向我方提及將與M503同時劃設W121、Wl22及W123等3條新航路，亦未提到中方曾向我方預告M503航路。而相較其他部會的強烈反應，陸委會聲明也僅使用「無法接受」字眼，要求中方繼續溝通，連記者會也沒有開。
有交通部高層不滿抱怨，「王郁琦寫的劇本，卻要我們上台去演」，不但新航路溝通無效，也連帶使得協商中的陸客中轉以及《兩岸飛航安全及適航標準合作協議》因而「卡關」。
儘管相關部會的怨言有其理由，但在考量在官方反應的影響下，社會輿論已將新航路爭議認定為國安問題，不可能讓步；而王郁琦在陸委會年終記者會上做出「金門王張會前進行溝通」的承諾，也因溝通無效而落空，高層也只能接受王郁琦的方案，決定延後金門王張會。
於此同時，府方已掌握張顯耀案以不起訴偵結的可能性極高，王郁琦勢必面臨政治責任問題。知情人士透露，在此情形下，馬英九不得不做出決定，同意王郁琦以為張案負責而請辭，但仍公開支持王郁琦對此案的處置，但藉此機會將新航路爭議交由接替人選處理。
