九合一選後國民黨大敗，中央研究院政治學研究所所長吳玉山認為，這是政黨轉型的結果，而政黨轉型是動態過程，國民黨主席馬英九在2005年接任黨主席，開啟國民黨轉型，民進黨在黨主席蔡英文帶領下，暫拋認同爭議，將重心轉向經濟和資源分配，加上經濟成長趨緩，選民對執政成績不滿意，民進黨順勢在九合一選舉時收割，一如當年國民黨在2008年摧枯拉朽的全面勝利。
外界解讀國民黨此次挫敗也丟掉過去堅實的基本盤，吳玉山則以湯瑪斯·孔恩(Thomas Samuel Kuhn)的「典範轉移」理論為架構，在今天開幕的台灣政治學年會上，發表了「當分配與認同分庭抗禮」的演說。
談到台灣兩大政黨的競合，吳玉山認為，台灣十多年來的政治競爭軸線，由傳統主打「統獨、族群認同」轉向「經濟」價值，接下來可能加入「環境」和「性別」等因素。
相較西方政黨以政治光譜的左右來區隔彼此，台灣選民在投票行為上，最先考量的反而族群認同、國家定位的問題，在意識型態掛帥之際，前總統陳水扁領導民進黨突出「本土意識和台灣精神」更獲當時的選民青睞，國民黨在馬英九2005年接任黨主席後開啟轉型，淡化族群和統獨問題，納入經濟因素，帶領國民黨從意識形態的戰爭轉向經濟為首的思考，這也的確觸動選民，讓政治競爭領域從純粹的族群議題轉向經濟議題，在2008年國民黨以「馬上就會好」、「633」等經濟政見觸動選民，獲得巨大勝利。
蔡英文在2008年民進黨聲勢最低之際入主黨中央，循著國民黨棄政就經，也同樣把經濟議題帶入民進黨，黨內對話形成共識，也順利推動民進黨轉型，加上國民黨執政下，經濟成長率趨緩，民眾對所得及社會福利政策不滿，讓民進黨能主打分配議題，獲得社會支持，這也是綠營這次選舉獲得勝利的主要因素。
相較其他人在意政黨得失，吳玉山認為，這是典範轉移，且政黨轉型持續進行，到底經濟議題是不是意識形態的包裝，是不是政黨獲取選票的糖衣，都還待後續時間檢驗。
