三月二十九日晚間十點二十分，華航搭載第三波從中國大陸湖北省返台的一五三名台人，三十日華航也載回約兩百人，同樣採取集體檢疫及隔離十四天。加上先前兩波包機，已從湖北省載回約九百多名台人。
不同的是，這次飛機的出發點是上海浦東機場，而非武漢天河機場。
到上海過程八仙過海，各顯神通
「陸方堅持登機後不用隔離衣、戴口罩、面罩。為貫徹防疫需求，所以由華航執飛的方式最佳。」我方官員說明為何此次不再比照第二波包機，由華航及中國東方航空共同執飛載回台人；這位官員強調，香港包機是國泰和港龍航空，澳門包機是澳門航空，如果對照港澳模式，為何台灣不能用華航來執飛，「陸方堅持要東航加入與華航共同執飛是多此一舉。」
因此，海基會於三月二十六日發布新聞稿，拋出「指定航班」模式。湖北除了武漢之外，其他市州已於三月二十五日解除封城，海基會經與華航協商後，請不再受封城限制的台人於三月二十九日、三十日晚間，到上海浦東機場搭乘華航執飛的「指定航班」返台，機上不會有其他旅客同行。
「這次是八仙過海，各顯神通……。」一位參與協助台人返台的人士如此描述台人從湖北趕赴上海的過程。
不同於先前滯留湖北的血友病童到成都搭機返台，已備好交通工具，從湖北前往成都，並有專人照護，這次滯鄂台人要自己想辦法趕赴上海，備極艱辛。
由於武漢市尚未解封，滯鄂台人無法經航空、鐵路至上海，需另謀他途。少數人從三月二十七日晚間開始動身，大多於二十八日出發。
據轉述，有的台人包車直奔上海浦東，每車車資兩千至三千元人民幣；有人搭乘當地台辦準備的遊覽車到上海，每人票價三百至五百元人民幣；有人包車到湖南長沙，再轉飛機或高鐵到上海；也有台人趕赴重慶搭機，才發現班機取消，趕緊再轉高鐵。大多數台人到機場後暫時找不到住宿，只能在機場將就睡一晚。
有人在群組「借」綠碼通關
「搭高鐵到上海再轉公車比較便宜，但接觸的人太多，感染風險比較高，所以我跟媽媽兩人就包了一台車，至少對我們、對台灣來說比較安全。」一位此次搭上返台「類包機」的台人說，包車價格已超過返台機票二一○○元人民幣，「但不想因為最後一步，讓自己造成台灣醫療資源的負擔。」
此外，台人在出湖北前需備齊一些證明，也幾經波折。包括透過手機應用程式支付寶開具的健康監測證明（即所謂的綠碼）、武漢肺炎核酸檢測為陰性的報告，以及向社區居民委員會、村委會申請的紙本健康證明。
據轉述，的確有數名台人在過關卡時因為沒有「綠碼」被攔下，趕緊將相關情況通報到約有兩百名滯鄂台人的微信群組中求助，後來有人出借綠碼供掃描，才順利過關。不過，沒有人在進上海前被攔截。
但有兩名陸配的「大陸居民往來台灣通行證」過期，一位成功補辦，一位因已放棄陸籍，大通證又剛好於封城期間過期，不能申請補發，相關單位正協助中。
幾家歡樂幾家愁，除了滯留武漢市的台人不能出城，也有滯鄂台人認為路途遙遠只好放棄，「我從湖北荊州到湖南長沙要四到五小時車程，從長沙到上海的高鐵約五小時。」
據悉，還有一名滯留湖北的產婦因已懷孕六個月，擔心長途跋涉動胎氣，也有母親帶著兩位小孩實在不便，都未趕赴上海搭機，亟待協助。
「第二波包機就有穿戴防護衣，台、陸方也在登機共同協助檢疫。」一位滯留湖北台人感慨，此次指定航班模式無論對照顧弱勢、防疫優先以及便民皆非最佳選項。大約還有四百多名台人滯留湖北。
此波指定航班模式，是介於「各自搭機返台」跟「包機」之間的「類包機」模式。主因是滯鄂台人仍被內政部移民署註記，必須搭乘專機返台，但台灣方面不再同意與東航共同執飛，從湖北載回台人。
三波包機耗時長達近兩個月
據台方官員指出，這次指定航班並未透過兩岸協商，是由海基會直接主動出招。據悉，海基會發布新聞稿後，有留滯湖北台人致電上海台辦詢問相關情況，也得到回覆台方並沒有告知指定航班的決定。
第一批武漢包機二月三日由東航執飛返台，由於台灣官方質疑名單及防疫出現漏洞，導致第二批包機延宕四十六天後，才於三月十日以「特殊包機模式」上路。在台方主張的「橫濱模式包機」與中國主張的「非撤僑班機」間，第二批包機定調為「防疫專機」，由東航、華航共同執飛，共載回三六一人。
