在稅務合法性方面，診所醫師需謹慎規劃，每年的稅務查核更是焦點。尤其是對於來自健保未支付的收入，該種蹤跡相對較難追蹤的收入，將成為稅務機關關注的焦點。
永達保經籌備協理楊開雲建議，診所醫師在風險管理上應從四個方面入手，分別為人身風險、申報風險、診所查稅、以及資產保全。
1. 人身風險：涵蓋執業過程中可能發生的醫療糾紛、疾病或意外導致的身故或失能風險。
2. 申報風險：包括部頒費用過高、業務所得認列問題、以及受僱醫師報酬認列風險。
3. 診所查稅：涉及醫材出貨紀錄回查、未稅資金、高頻存入引發的勾稽。
4. 資產保全：考慮執業期間資產曝光、名下資產所產生的稅金曝光、婚姻變故時資產的移轉、以及高額貸款帶來的風險規避。
楊開雲進一步指出，近年來稅局尤其關注自費收入較高的私人診所，如牙科、醫美、骨科，及複健診所。儘管許多醫師透過會計師協助稅務診所諮詢，仍需留意個人名下資產及所得產生的不對等性可能引發的勾稽。
楊開雲提醒，診所醫師在風險規劃前應評估保單是否與時俱進，檢視登記性資產（定存、股票、不動產）與所得申報是否一致，以降低執業過程中的風險。
