普悠瑪翻車事故肇事禍首指向車上ATP設備關閉後，未能自動通報台鐵行控中心，從台鐵2001年執行的「鐵路行車保安設備改善計畫」斥資38.5億元建置ATP系統迄今，過程中不僅發生多起死亡車禍，2010年監察院調查ATP採購，台鐵當時答覆「ATP系統故障僅影響列車準點率，但對行車安全並無影響」，相關回覆在普悠瑪事故後更顯得諷刺。
前瞻8年投入4241億進行軌道建設，ATP僅佔7億
台鐵問題叢生，政府理應透過前瞻基礎建設強化行車安全，然而，前瞻第二期特別預算，ATP升級所編列7億元預算，卻僅針對地面設備部分進行改善，目的是為了因應台鐵捷運化後的區間車升速，最為迫切的普悠瑪等高速列車的車上ATP設備，竟然沒有編列相關預算，對照「前瞻基礎建設」預計8年投入4241億元軌道建設，更顯得配置失當。
普悠瑪事故發生迄今，台鐵對於事故發生原因說法反覆，先是謊稱不知駕駛關閉ATP，針對安裝ATP遠端監控系統的說法，也從最早「普悠瑪沒有裝」，再到「系統不相容不能裝」，到最後變成有裝監控系統，但沒有接上線頭，製造普悠瑪號的日本車輛製造公司11月1日首次坦承，普悠瑪號列車設計有疏失，坦言普悠瑪車上ATP被關閉後，並沒有自動通知台鐵行控中心的功能，嚴重暴露台鐵列車與ATP遠端監控系統採購疏失。
監委調查報告：台鐵未落實ATP系統地上設備之安裝監造
事實上，台鐵從2001年起執行的「鐵路行車保安設備改善計畫」，過程中多次遭到監察院調查。2003年台鐵造橋事故，監察院以台鐵計畫管控不良、執行率落後，對台鐵提出糾正案；2010年，前監委葉耀鵬再度針對台鐵「新設列車自動防護系統」（ATP）出具調查報告。
根據葉耀鵬的調查報告，台鐵「列車自動防護系統」（稱ATP系統）標案，2001年由龐巴迪得標後，台鐵方面未落實ATP系統地上設備之安裝監造作業，纜線損毀及感應器位置偏差，導致承包商動態測試不斷重測，台鐵當時因為人力不足等因素，由台鐵電務處將安裝工程分為9個區段同時委外施作，安裝前由龐巴迪對安裝廠商及台鐵局技術人員施以安裝訓練，安裝後，於龐巴迪技術指導下，由台鐵技術人員進行靜態測試，再會同龐巴迪進行車輛動態測試。
根據監察院調查報告，台鐵在測試過程，除了發生傳輸線或接地線遭鼠咬破等事件外，2006年6月測試時，還曾因午間時段台灣太陽輻射強度過高，導致地上設備過熱而無法正常傳送資訊，使得列車接收資訊不足而煞停，一直到2008年3月重測始測試合格。報告指出，台鐵ATP系統採購合約歷經24次修約，其中有因鐵路線形變動或合約限速過嚴而須修改軟體，台鐵方面主張不能歸責於龐巴迪，因此同意合約展延，並且負擔合約展延期間部分費用。
