臺灣大學全體師生的輓聯曰：
早開風氣，是一代宗師，吾道非歟？浮海說三千弟子；
忍看銘旌，正滿天雲物，斯人去也，哀鴻況百萬蒼生。
臺灣大學為紀念其開一代風氣之先的功績，專門在校園建造陵墓並命名「傅園」，園中有一座紀念鐘，名為「傅鐘」，是台大精神的象徵。
傅斯年在臺灣那邊受尊，其留在大陸的親人在這邊受罪。
傅樂煥，傅斯年的侄子，1947年，赴英國留學。1951年學成，堅拒傅斯年的讓其赴臺灣大學或史語所工作的安排，返回他想像中自由幸福的大陸。1952年任中央民族學院歷史系教授。
1966年5月，文革初起之時，傅樂煥受叔父的牽連，被作為「安插在大陸的特務」遭到連續的批鬥、關押和殘酷的折磨。傅樂煥身心痛苦至極，哀傷至極，在走投無路，生不如死的淒慘境況中，他最終選擇以死明志，以死抗爭，以死證明自己「士可殺，不可辱」的傳統士大夫的氣節與骨氣。23日在北京陶然亭投湖自盡。
同年8月，曾獲諾貝爾文學獎提名的作家老舍，因不堪迫害投北京太平湖自殺。著名作家汪曾祺的小說《八月驕陽》專門寫老舍投湖之死，一腔憤懣深藏在淒清和冷寂中。
隨後，傅家在聊城的祖墳，大清開國狀元傅以漸作為「地主階級的頭子」與「臺灣特務、反革命分子傅斯年的祖師爺」，其墓被紅衛兵用烈性炸藥炸開，劈棺揚屍。母親在重慶的墳墓也被炸開，慘遭毀壞。傅家留在大陸的親屬，上至祖輩，下至子侄輩，境遇無不淒慘。
令人難以想像的是，在文革結束近40年之時，2012年，河南發生了令全國側目的扒墳運動。當時河南周口為增加可耕地面積，以殯葬改革的名義，要將地裡的墳頭全部平掉。此運動受到民眾普遍抵制。周口市長要求平墳要「一鼓作氣，堅決平，遷到位，不留死角」，公權力竟然堂而皇之地逼迫人們自平祖墳，古往今來的人類之罪惡，莫此為甚！周口的扒墳運動，看似只是一個政府與民眾衝突的普通事件，實則有其深厚的文革意識與背景。盧扒墳（盧展工，時任河南省委書記）決不是一種孤獨的現象，只要假以時機，有些人心中的惡念及隨之而來的惡行就會像春天的野草一樣地瘋長。事實一再說明，不對文革從思想上、政治上、行為上做徹底的清算，只批評演員，不涉及導演，文革的陰魂就會始終盤旋在中國人民的頭上，不一定什麼時間，就會在中國的心窩上再狠狠扎上一刀。
從傅家在大陸的結局看，傅斯年的早逝，未嘗不是上天對他的另一種厚愛。否則，以他的性格，這樣的人間慘劇讓他所聞，他必會在臺灣面北而叩，泣血而亡。果如是，則天下士子學人該當如何面對！
