日本島國不堪一擊
日本的地理位置，顯然很容易讓這座島國與世上其他地區的疾病相隔絕。然而，這是一樁福禍參半的事，因為與世隔離使得當地發展出相當密集的人口，但是萬一某種新傳染病成功的穿越海洋，深入日本群島，這樣的族群在面對異常凌厲的疫病時，可就脆弱得不堪一擊了。日本鄉間人口和中國比起來，一直比較稀疏，至少在日本的稻田耕種法普及之前是如此（這個普及過程直到十七世紀仍在進行中）；而且直到相當近代，日本城市的規模也比中國的小。
這意味著，許多在中國變成慢性病的重大致命疾病，在13世紀以前，都沒法在日本長期立足。結果，在日本人口密度超過「流行病緩和成地方性傳染病」的閾值之前，長達六百多年的時間，日本群島始終飽受一長串厲病的侵略。
日本首次和歐亞大陸接觸的紀錄，是在西元552年，當時來自朝鮮的佛教傳教士，初次踏上日本領土。這群新訪客，帶來了一種全新的致命疾病—可能是天花。隔了一個世代以後，也就是西元585年，另一次類似的嚴重疫病再度爆發，但是到了那個時候，西元552年那次流行病所引發的免疫力已經耗光了。一場更持久的流行病疫情於西元698年開啟，而且在接下來的15年間，於日本諸島傳來傳去；這場疫病於西元735年到737年間，又再度折返日本；然後是西元763年到764年；然後在26年後，也就是西元790年，「所有三十歲以下的男女全都被感染了」。這種疾病週期復返的紀錄，一直持續到十三世紀。然後，它變成一種兒童疾病（這類描述始於西元1243年），終於在日本找到永久的居所。
至於其他傳染病於何時引進日本，何時在日本安身立命，就不清楚了。有一場「使半數人口死亡」的新型疾病，於西元808 年抵達日本。根據中國沿海在西元762年到806年間可能流行鼠疫的這項推論，日本這場疫病有可能是鼠疫入侵，雖說這只是猜測，缺乏臨床描述來證明。不過，在西元861年至862年間，另一場新的疫病「猛咳症」，找上了日本，而且先後於西元872年，以及西元920年到923年復發，奪走眾多人命。腮腺炎（獨特的腫脹症狀很容易在古籍中辨認出來）於西元959年在日本出現；而且在西元1029年復發。
西元994年到995年間，另一場「使得半數人口死亡」的疾病來襲。假使這個數據跟事實沒有差得太遠，那麼如此高的死亡率，必定是某種陌生疾病，遇上未曾感染過它的族群的結果。麻疹紀錄也同樣有趣，「麻疹」這個現代名詞，首次出現於西元756年，但是這種疾病真正變得嚴重、又反覆感染人群時，卻是在十一世紀時（西元1025 年、1077 年、1093 年到1094 年、1113 年、1127 年）。它在西元1224 年首次被提到是一種兒童疾病，換句話說，它只比天花早19年達到這類地位。
