1912年11月3日，外蒙古與俄國簽訂「蒙俄協議」，在協議中俄國允諾將對蒙古提供軍事援助。另外，已稱帝的哲佛也頒布「致內蒙古王公八項優待條件」以爭取高僧貴冑支持獨立。因此在建立大蒙古國的號召下，內蒙古的49旗中，有35旗對建立內外蒙古統一的大蒙古國表達了擁護支持。
1913年1月24日，蒙古國政府批准了出兵「收復」內蒙古的計畫。遠征軍分三路進攻，由主要的中路軍負責進攻多倫諾爾，該地主要寺廟彙宗寺的那音巧爾吉活佛起兵相助，甘珠佛爺也提供相關軍情。另一方面，章嘉活佛的弟子們則持異議，不願涉險捲入統獨之爭，甚至還向北洋政府揭發告密。
遠征軍進兵內蒙古期間，極受尊敬的活佛嘉享尊．呼圖克圖(Jakhantzun Khutughtu)擔任了一支軍隊的統帥，還和甘珠佛爺會過面。另外在7月初，蒙古的兩位將領希倫將軍(Shirun jangjun)和那木色賴．巴圖爾(Namsarai bator)帶著一些騎兵到了昭蘇乃木城的寺院，這兩位外蒙將軍，本來就是甘珠佛爺的檀越（施主），與佛爺交誼頗深。
1913年7月13日，中路軍先頭部隊在那木色賴的率領下，到達昭蘇乃木城附近。北洋政府的多倫諾爾守軍主動出擊與蒙軍激戰，甘珠活佛勸那木色賴將軍突圍撤離，自己則在寺廟後倉的閣樓上目送遠望。不料此時卻被破寺追擊而來的北洋軍官高青山尋獲。
據說，高青山問四世甘珠活佛：「你是活佛，前知五百年，後知五百年，你可知道自己什麼時候死嗎？」說完後就把活佛槍殺了！
活佛殉難，寺廟遭劫掠焚燬，佛爺的法印也被毀棄，北洋軍的暴行引發蒙古民眾群情激憤，遠征軍也去而復返，對內蒙古境內的北洋軍隊據點展開報復性的猛烈攻擊。
另外需提一下的是，當多倫諾爾鎮守使王懷慶襲退蒙古遠征軍後，張家口都統田中玉以談判為名，將彙宗寺那音巧爾吉活佛誘至張家口處死，那音巧爾吉活佛的世系至此斷絕。
1913年11月5日，中俄兩國簽署「中俄聲明文件」，俄國承認中國對外蒙古的宗主權，中國也承認俄國在外蒙古的各項特殊權利。蒙古遠征軍失去俄國的軍事援助後，節節敗退回到庫倫，不僅大蒙古國的夢想幻滅，更導致外蒙古被撤銷獨立改為自治，重新納入中國版圖。
「牛兒年之亂」雖告落幕，但內蒙古民眾對活佛之死仍憤懣難平。究竟四世佛爺是受誣告構陷，無辜捲入而遇害？他對大蒙古建國運動，是僅懷民族情感，提供客觀建言？還是以行動實際支持？儘管眾說紛紜，但無論如何，粗暴槍殺活佛，本身就是一件無可饒恕的罪行，也讓蒙漢關係裂痕日深。
