針對近日發生的漁業糾紛，行政院發言人童振源23日表示，台日雙方經過磋商之後已達成共識，新政府對於漁權議題所持的立場，仍維持民進黨發言人王閔生4月29日發表的立場，透過協商的方式解決爭議，並宣布成立「台日海洋事務合作對話機制」，積極促進各項海洋事務的合作。
童振源表示，新政府立場沒有改變，認為應該透過協商的方式解決爭議，對於沖之鳥礁的島礁身分，不採取法律上的特定立場。
針對機制成立後是否還要護漁？童振源表示，政府在護漁上不容許打折扣，會善盡該有的做法跟政策，至於沖之鳥礁附近護漁船艦，將視情況而定再做調整。
行政院聲明指出，維繫台日友好關係，對台灣整體對外關係相當重要，台日之間不應對彼此採取任何會增加緊張局勢的行動，應積極展開並累積在海洋事務上的建設性對話與合作。
童振源強調，基於維繫台日友好關係的共同認知，雙方決定在亞東關係協會與交流協會的架構下，儘早成立並啟動海洋事務合作對話機制。
童振源補充，台日對於在7月底前正式成立機制、並召開第1次對話已有初步共識，除漁業合作外，也包括環境保護、科學研究、海上緊急救難等雙方同意的各項海洋合作議題。
外交部則指出，有關成立海洋事務合作對話機制，已獲得日方善意回應，但相關細節仍待我方亞東關係協會及日方交流協會繼續規劃、協商。台日雙方透過機制協商漁業合作、環境保護、科學研究及海上緊急救難等議題，不僅有助解決紛爭，更可促進雙邊關係良性進展及增進區域安全穩定，外交部將全力配合推動。
此外，外交部也表示，政府對於維護漁民權益的立場不會改變，但經由外交協商才能圓滿解決。
