從初期的「入、出分管」和「軍、民分管」，1952年統合為「臺灣省保安司令部軍民入出境聯合審查處」，1957年3月改為「臺灣省保安司令部入出境管理處」。1958年「臺灣省保安司令部」、「臺灣省民防司令部」、「臺灣防衛總司令部」、「臺北衛戍總司令部」等四單位，合併為「臺灣警備總司令部」，入出境管理處歸隸其下，此時的入出境制度，具有濃厚的「軍警共管」和「軍情合一」的性質。1972年內政部警政署成立「入出境管理局」，業務由警總轉移至「內政部入出境管理局」辦理，為「內政部警政署入出境管理局」。表面上將入出國管理歸入一般行政，但軍情單位仍透過權責與人事的設計，依舊將入出境管制權力牢牢緊握。
