據指出，由於不滿前海基會董事長洪奇昌，近年在兩岸議題立場，為避免讓外界將洪的主張，視為民進黨新潮流系意見，新系近期將正式決定，將當年參與派系創立的洪除名。
洪奇昌:民進黨即將上台，應建立兩岸互信
對新系態度，洪奇昌不願多談，僅表示一切由新系幹部發言，但洪也強調，他是新潮流第一代，且是民進黨創黨黨員、目前也是終身黨員，在總統當選人蔡英文從去年起已務實轉向、回到中華民國憲政架構下，現在最重要的，是如何在520前，讓兩岸開始建立互信。
據了解，因應520後民進黨重新執政的政治情勢，目前檯面上為「新台灣社會智庫」的黨內新潮流系，對成員也進行整理，洪為當年所謂「18飛鷹」，是新系創流大老，任新系總召多年，也對不少新系後輩有提攜、栽培，但近年和力主「九二共識」的馬政府前國安會秘書長蘇起在兩岸議題上互動緊密，並加入蘇起發起的台北論壇，常讓其個人主張，被解讀為新潮流意見，綠營內對洪言行常有質疑，新系內，早積累不少對洪的情緒。
新系人士坦言，洪近年和團體已無密切互動，而洪許多在外發言，事前都未和新系內討論過，給新系帶來很大的困擾
立委鄭運鵬加入新潮流系
據指出，對是否留下洪奇昌？日前新系固定的政協會中，便有番「討論」，基於尊重洪是創流元老，當時是委請和洪有私誼的新系內大老親自向洪溝通，但要求洪如仍要保留新系身分，兩岸相關發言就需先和派系討論，但洪並沒接受，也讓新系上下確認，洪未來「就只是兄弟、朋友」，但已非自家人！
另據了解，新系日前政協，除「確認」和洪奇昌的關係，桃園市鄭運鵬、台南市林俊憲，及鐘孔炤、周春米兩位不分區立委也分在鄭文燦、賴清德、陳菊、潘孟安等新系地方首長推薦下，邀請參加新系。
