負責籌設原分所的張昭鼎，曾經是李登輝和黨外人士的中介者，也替李遠哲安排過許多事情。張昭鼎因晨間運動氣喘病發作，1993年不幸過世。李遠哲發表悼念文章〈該也是回家的時候了〉，隔年就辭了柏克萊加大教職回台。一位學生說：「以前張昭鼎可以替他擋掉許多事，張昭鼎過世後，李遠哲少了一個擋箭牌，很多事都要自己站在第一線，太辛苦了。」
回台、政治、教改
1994年，李遠哲回台灣接任中研院，因盛名和人情之託，也担任過「社區總體營造學會」理事長、《新故鄉》雜誌發行人，也為「雲門舞集」、「漢唐樂府」募款。九二一大地震之後，捲入了更多的政治事務。
而花了他最多時間的「教改」，也招來最多的社會責難。在各種批評聲大起時，有一次在某一場合，張忠謀說：「怎麼都看不到其他委員出來說話？以前，殷允芃（也是教改會委員）對我說：『李遠哲，好民主喔！』據說，在教改的多次會議上，多是訴求共識，很少用表決，非常耗時。」李遠哲從來不是「我說了算」的主事者。也是教改會委員的沈君山則說：「譬如教改，結果是有爭議的，但他的認真投入、誠心做事，51次會議，每次必到，必然從頭到尾的到。最後寫總報告，親自校讀修改，只要是教改，不但住持，連香火工的事也做，果然弄得一臉煙灰。」嘆惜李遠哲「為什麼好好的菩薩不做，去做住持？」
封存的中國情誼
中國科學院的研究員孔繁敖（孔子七十四世孫)）的博客有一篇〈亦師亦友李遠哲〉說：「李遠哲對中國大陸是友好的，實實在在地幫助大陸開展現代化的科學研究。在1979年到1999的20年裡，李遠哲每年都至少到中國來一次，指導開展分子反應動力學的研究，推薦骨幹人員去美國最好的研究機構深造，把大陸的研究水準陡然提升了好幾代，在他的建議下，在中國科學院的大連化學物理研究所和北京的化學研究所聯合成立了分子反應動力學國家重點實驗室。可以說，我的後半輩子是和李遠哲先生的關照與培植分不開的。」真可說是情誼深重，是大陸人士對李遠哲昔日友情支援的公開肯定。
80年代，胡耀邦、趙紫陽掌權，比較開放的年代。中國科學院的兩任院長盧嘉錫、周光召和李遠哲都有相當的交誼。盧嘉錫和李遠哲是化學同行，生於福建廈門，其家族世居台灣台南，台灣割讓之後，才又移居回大陸。周光召是兩彈一星功臣。1986年以中國科學院的名義授予李遠哲名譽教授的頭銜，至今中國科大的網頁有此資料。1987年，新接掌中國科學院的周光召又予李遠哲以名譽博士稱號。中國科學院也提議，希望李遠哲能實際帶領研究項目。1989年，中國科學院的「分子反應動力學實驗室」正式成立，李遠哲也担任了名譽主任，並備有辦公室。此一實驗室可說是由其研究團隊衍生的。這是李遠哲和大陸科學界關係最好的時期。之後，中國科學院本來已準備一起發表他和楊振寧等人為外籍院士，因他放棄美籍回台而作罷。 （相關報導： 蔡英文台南誓師：6天之後走進台北城，我們要改變，台灣要改變 ｜ 更多文章 ）
李遠哲以分子束研究化學反應的動力機制，得到諾貝爾獎，擁有別人少有的國際活動經驗和發言機會。可是1999年「兩國論」出現後，李遠哲和大陸的來往也陷於尷尬。1999年北大百年校慶，李遠哲、沈君山都去了，可是對方只想請「尊敬的李遠哲教授」演講，而不願出現「中央研究院院長」職銜。當時周光召向他抱怨，李遠哲回應說，若中方如此堅持，那他回台灣後可以建議把中央研究院改名為台灣研究院。隔天，周光召反過來說「這千萬使不得。」
