1958年，夫人樂黛雲被劃為右派下放勞動。文革開始，湯一介被打為「黑幫分子」，但即便如此，他也還是「自覺是一個共產黨員就應該一切聽毛主席的」。文革10年，湯一介正值「不惑之年」，但事實上這卻是他一生中最迷惑的10年
毛澤東死亡、四人幫垮台後，被隔離審查的湯一介突然發現一個問題：「我該聽誰的？」而後他反思：「我之所以走了一大段彎路，主要是因為我沒有用自己的頭腦來思考問題」，而後他決定「我只能聽我自己的」。
1978年，湯一介得到平反。1980年，53歲的湯一介恢復了在北大講課的資格，從此他不願再與政治有瓜葛，重新思考中國傳統哲學，並以真善美概念為基礎，綜合各家所言，希望建構出一套中國哲學理論體系。
在1980年代，湯一介比較關心的有兩個問題，一是真善美問題，二是中國哲學的框架問題。因為對牟宗三「內聖開出新外王」的說法有所保留，湯一介開始思考從其他角度思考中國哲學的主題。「真善美」便成為他的思考角度，1984年發表《論中國傳統哲學中的真善美問題》，指出中國哲學的主題和精義是天人合一、知行合一、情景合一，分別與真善美相對應。
1980年代下半葉，湯一介根據余英時「內向超越」的啟發，思考中國哲學的傳統框架問題。指出相對外在超越的西方哲學，中國哲學的取向是內在超越。湯一介認為，東西方哲學的差異，可以說是人生境界的問題，但人道還應提升到天道的高度來認識宇宙和人生的問題。
湯一介闡述：「因此我提出和諧問題。內在超越如果落實到實踐上，人的自我道德的提升，就是在政治、社會等各個方面的實踐，如果不落實，則沒有實際效應。內在超越是一個中心，往上提升到和諧，往下落實到政治、社會實踐，這三個問題構成中國哲學的框架。」
1990年代，因為亨廷頓的《文明的衝突》，湯一介開始思考「文明的衝突」的對應面：文明的共存。他認為如果文明不能共存，世界將會混亂、人類彼此爭奪。這一時期他思考的另一個焦點，則是中國現代哲學的轉型。
在1980年代後期，有說法認為激進主義派推動了中國文化的發展。湯一介則認為，包括激進主義派、自由主義派、乃至保守派等在內，共同組成中國文化的現代轉型。「前一個問題是怎麼看世界，後一個問題是怎麼看中國，應該如何來理解、如何來創新我們的哲學。」
1990年代末期開始，湯一介考慮創建中國自己的闡釋體系。在他看來，當前對經典的解釋，無論哲學、宗教、藝術等，都是用西方的理論與方法，而面對中國豐富、深厚的歷史文化資料，以及解釋經典的經驗、方法、與理論，他在思考創造中國的解釋學。
另一個問題，則是「儒家倫理與現代企業家精神」。他讀韋伯的《新教倫理與資本主義精神》後，深感在中國沒有建立起一個當代資本家的精神家園，因此思考能否根據儒家倫理，來建設現代企業家的精神。
第三個思考重點，則是他讀了雅斯培的《歷史的起源與目標》後，認為人類必須追求新軸心時代的問題，其中涉及儒學與普世價值的關係。湯一介認為，應該區分普世價值與普世主義，普世價值在各種文化中都有它的因素，而普世主義則是西方文化特有的東西，認為只有西方的價值理念才具有普世價值的意義；後現代主義雖然瓦解了西方的現代性，但只有瓦解沒有建設，而儒學則可能帶來建構性的後現代主義。
湯一介著作等身，學術專著有《郭象與魏晉玄學》、《早期道教史》、《魏晉南北朝時期的道教》、《中國傳統文化中的儒道釋》、《儒道釋與內在超越問題》、《儒教、佛教、道教、基督教與中國文化》；學術隨筆有《在非有非無之間》、《湯一介學術文化隨筆》、《非實非虛集》、《昔不至今》、《郭象》、《當代學者自選文庫：湯一介卷》、《佛教與中國文化》、《生死》、《和而不同》、《我的哲學之路》、《La Mort》等。
