纏訟將近8年的中科三期，究竟何去何從，將於近日定案，台北高等行政法院(以下簡稱北高行)日前提出「和解方案」，方案中強調，環境保護與經濟發展的拉鋸，非僅不能避免，也是有必要的，針對此一思辯過程，法院有義務、也有其能力，將之引導為凝聚共識的終點，而非無謂耗損及鬥爭的起點。
民國95年的環保署142次大會，在極度爭議下「有條件通過」中科三期的環境影響評估審查，之後，此一環評審查結論於97年1月被台北高等行政法院撤銷、並於99年1月被最高行政法院駁回環保署上訴後，環保署依然在諸多爭議未決的情況下，於99年8月又通過了99年環評，后里農民們不得不針對99年環評再次提起了二次撤銷訴訟。
最關鍵的逆轉則是102年時，最高行政法院在判字第120號判決中，不但撤銷原本的判決發回更審，也批評環保署過去「邊施工邊環評」的做法，架空環評法預防原則精神。
目前本案由最高行政法院發回台北高等行政法院更審，北高行可望於近日作出決定，面對牽動台灣光電產業與農民生存空間的歷史性案件，高院不敢掉以輕心，日前聽取時任國科會主委的朱敬一出庭作證，朱敬一當場強調，環保與經濟發展，絕非零與一的選擇。台北高等行政法院隨後提出「和解方案」，詢問國科會（現升格為科技部）是否有協調空間。
「和解方案」一開始，台北高等行政法院開宗明義指出：多元價值的衝突，是現代社會的特徵；環境保護與經濟發展的拉鋸，更是人類演進之所必然；這些紛爭非僅不能避免，也不應迴避；因為，不同立場的思惟，初期固然有所齟齬扞格，但經由思辯的過程，透過論點競逐與相互說服，彼此理解對方的立場，才能真正形成符合公共利益的集體決策。
台北高等行政法院指出，法院為國民之法院，對於紛爭的解決，有義務，也有其能力，將之引導為凝聚共識的終點，而非無謂耗損及鬥爭的起點。
台北高等行政法院指出，就應然面而言，中科三期第一階段環境影響評估程序之瑕疵，如果到達違法程度，法院雖非不得予以撤銷，對於政府長期漠視民眾參與以及程序正義之心態，確實有當頭棒喝之作用。但就實然面而，第一階段環境影響評估結論若撤銷，後續追蹤考核開發案的依據也就不存在；開發許可一撤銷，參加人中科局與進駐廠商間法律關係基礎，也隨之崩解。進駐廠商撤廠因此所得請求之金錢賠償，不僅難以估計，也終勢必由全民負擔；更重要的是，中科三期使用範圍之環境，甚至鄰近之地，要以何為基礎「回復原狀」?
以現狀而言，停工撤廠都是對現存環境的重大改變，污染的後續處理，乃至於當地地理人文之重建，何去何從，也必須再度透過環境影響評估程序，予以規畫檢視。而這些可能產生之疑慮與損害，都還沒準備好如何應對與防免。
「和解方案」更指出，本件訴訟之結論，會是台灣的轉捩點。兩造及法院代表全民透過訴訟程序協力發現真實的法律，也就是真正解決糾紛的方案，自應捐棄成見，共創新猷。為此，法院提出和解方案如下：
一、被告行政環保署應將最高行政法院102號年度判字第120號判決摘要（事實概要、本院判斷欄）及本和解方案刊登全國發行量最大的4家報紙，承諾後續中科三期環評作業程序依上開判決及和解方案作成。
二、被告行政院環保署應就環境影響評估法第8條「對環境有重大影響之虞」之概念依行政程序法第159條第2款頒訂解釋性規定。
三、被告行政院環保署、國科會及參加人中科管理局應於和解成立30日內就「中科三期開發案」續行第二階段環境影響評估。
四、被告行政院環保署、國科會及參加人中科管理局應於和解成立60日就「中科三期開發案停止開發並回復原狀」實施環境影響評估。
五、 參加人中科管理局應捐助成立以環境保護為宗旨之公益財團法人，由原告或其推舉、委任之人擔任半數以上董事。
六、原告於上開公益財團法人經許可成立；且參加人中科管理局依本和解方案三為環境影響評估，依環境影響評估法第8條將環境影響說明書為必要之分送、陳列或揭示期滿後，撤回本件訴訟。
