環保署
環保署轄下有環資會以及環發會2家財團法人。
陸委會
陸委會管轄的有海基會、台港策進會2家財團法人。
金管會
金管會所屬的財團法人，包括投資人保護中心、保險事業發展中心等7家。
退輔會
退輔會下轄榮民榮眷基金會。
原能會
原能會管轄的2家財團法人，分別是輻射防護協會、核能資訊中心。
農委會
農委會下轄豐年社，其期刊《鄉間小路》已轉型為網路媒體《農傳媒》；此外尚有農發會、農村發展基金等共26個法人為農委會管轄。
原民會
原民會下轄負責經營原民台的原住民族文化事業基金會。
通傳會
隸屬於通傳會（NCC）的是財團法人電信技術中心。
