我們將從真相的調查與整理出發，預計在三年之內，完成台灣自己的轉型正義調查報告書。我們將會依據調查報告所揭示的真相，來進行後續的轉型正義工作。挖掘真相、彌平傷痕、釐清責任。從此以後，過去的歷史不再是台灣分裂的原因，而是台灣一起往前走的動力。
同樣在公平正義的議題上，我會秉持相同的原則，來面對原住民族的議題。今天的就職典禮，原住民族的小朋友在唱國歌之前，先唱了他們部落傳統的古調。這象徵了，我們不敢忘記，這個島上先來後到的順序。
新政府會用道歉的態度，來面對原住民族相關議題，重建原民史觀，逐步推動自治，復育語言文化，提升生活照顧，這就是我要領導新政府推動的改變。
接下來，新政府也會積極推動司法改革。這是現階段台灣人民最關心的議題。司法無法親近人民、不被人民信任、司法無法有效打擊犯罪，以及，司法失去作為正義最後一道防線的功能，是人民普遍的感受。
為了展現新政府的決心，我們會在今年十月召開司法國是會議，透過人民實際的參與，讓社會力進來，一起推動司法改革。司法必須回應人民的需求，不再只是法律人的司法，而是全民的司法。司法改革也不只是司法人的家務事，而是全民參與的改革。這就是我對司法改革的期待。
第四、區域的和平穩定發展及兩岸關係
新政府要承擔的第四件事情，是區域的和平穩定與發展，以及妥善處理兩岸關係。過去三十年，無論是對亞洲或是全球，都是變動最劇烈的時期；而全球及區域的經濟穩定和集體安全，也是各國政府越來越關切的課題。
台灣在區域發展當中，一直是不可或缺的關鍵角色。但是近年來，區域的情勢快速變動，如果台灣不善用自己的實力和籌碼，積極參與區域事務，不但將會變得無足輕重，甚至可能被邊緣化，喪失對於未來的自主權。
我們有危機，但也有轉機。台灣現階段的經濟發展，和區域中許多國家高度關聯和互補。如果將打造經濟發展新模式的努力，透過和亞洲、乃至亞太區域的國家合作，共同形塑未來的發展策略，不但可以為區域的經濟創新、結構調整和永續發展，做出積極的貢獻，更可以和區域內的成員，建立緊密的「經濟共同體」意識。
我們要和其他國家共享資源、人才與市場，擴大經濟規模，讓資源有效利用。「新南向政策」就是基於這樣的精神。我們會在科技、文化與經貿等各層面，和區域成員廣泛交流合作，尤其是增進與東協、印度的多元關係。為此，我們也願意和對岸，就共同參與區域發展的相關議題，坦誠交換意見，尋求各種合作與協力的可能性。
在積極發展經濟的同時，亞太地區的安全情勢也變得越來越複雜，而兩岸關係，也成為建構區域和平與集體安全的重要一環。這個建構的進程，台灣會做一個「和平的堅定維護者」，積極參與，絕不缺席；我們也將致力維持兩岸關係的和平穩定；我們更會努力促成內部和解，強化民主機制，凝聚共識，形成一致對外的立場。
