國研院海洋中心前主任、成功大學水利及海洋工程系名譽教授高家俊先生投書媒體，指控「政府把成大當墊背的工具，硬將對自己有利的說詞讓成大無辜背書」，台灣中油公司16日指出，毫無證據的指控不僅傷害台灣中油，也傷害成立超過七十年的成大水工試驗所。成大水工所負責的地形變遷、流速、熱擴散等各項模擬，在台灣中油的環差報告都忠實完整呈現。科學數據的背後是研究人員的辛勞成果，高教授對研究過程不了解，但也不應輕易扭曲。
台灣中油指出，三接工程的生態影響，必須要從物理、化學、生物三個層面，再加上時間縱深長短，建立研究框架，研究的結論才能接近真實。影響藻礁生態的環境因子太多，不能只從單一學科的研究就驟下結論。其中，成大水工所負責的地形變遷、流速、熱擴散等模擬，在台灣中油的環差報告都忠實完整呈現，並以其物理數值模擬結果為基礎，進行後續的評估，最後綜整水工、地質、生物監測、熱擴散等二十幾個不同領域，經研究團隊多次共同討論才得出對藻礁影響的結論，因此不可能、也不會讓任何一個研究團隊當墊背。
台灣中油說明，事實上成大水工所黃國書研究員在10月12日的環保署環差審查專家小組會議，也已明確說明三接離岸堤並不會導致突堤效應，自然不會有公投提案方所擔憂的阻擋海流情形，報告中也說明大潭G3區、G1區，分別位於夏天季風波浪和冬天季風波浪的遮蔽邊界，在未有工程前就是未來需要留意的淤積熱區，但其中G3區比較不用擔心，因為夏天的季風風浪能量比冬天小很多，另外G1區則在三接建港後有海潮流流速加快的效應，減輕了淤積效應。
台灣中油指出，最關鍵的部分還是整個觀塘海域的沙源近20年是呈遞減的趨勢，在這樣的條件下，此區海域在港廓完成後的地形侵淤只會重新分配，代表有地方淤積就會有地方侵蝕，不會無止境累積，至於溫排水部分的影響溫升增加0.05度，也是成大水工所的研究結果，台灣中油在環差報告及環差會議中皆詳實陳述，綜整之後的結論，成大水工所也非常清楚，絕無如高教授所言將其當墊背工具、讓其無辜背書之情事，希望外界能夠了解台灣中油對三接科學調查的嚴謹態度。
