在中國國務院要求下，中國國家藥監局會同衛生健康委等多部門組成的核查組，8月1日赴湖北省武漢生物製品研究所公司，核查該公司此前生產不合格「百白破」三合一疫苗的處置工作。國家藥品監督管理局官方網站8月1日上午發布以上消息，並稱此舉是「為進一步落實習近平總書記、李克強總理重要指示批示精神」。多部門組成的核查組由國家藥監局副局長李利擔任組長。7月23日，正在非洲訪問的習近平，將長生假疫苗事件隔海定性為「性質惡劣，令人觸目驚心」，並指示有關單位要高度重視，立即調查事實真相，一查到底，嚴肅問責，依法從嚴處理。7月30日，李克強主持召開國務院常務會議，聽取長生假疫苗案調查進展匯報。他要求全案須堅決嚴查重處，讓嚴重違法者獲刑入獄並逐出市場，終身不得從事藥品生產經營。中國當局大舉查辦長生疫苗案，但隸屬中央企業的武漢生物生產流出的問題疫苗比長生還多，至今卻僅遭行政處罰，此前大陸輿論質疑當局「抓小放大」。對此，中國國家藥監局7月31日發文稱，武漢生物於2016年生產一批不合格的「百白破」疫苗，主要原因是分裝設備短時間故障，導致待分裝產品混懸液不均勻，屬於「偶發」。但官方說法顯然不足以服眾，國務院仍下令前往武漢生物進行核查。1日消息一出，大陸網民多表肯定並支持徹查嚴辦。
