花蓮縣配合行政院環保署推動畜牧糞尿資源化政策，截至111年10月底前，大型畜牧業者畜牧資源化比例皆達到總廢水量5％以上，為全國少數縣市達成目標100%之縣市。同時花蓮縣環境保護局亦積極輔導縣轄內小型畜牧場參與畜牧糞尿沼渣沼液作為農地肥分使用計畫，全縣畜牧場大部分已加入畜牧資源化行列，澆灌面積達282公頃，每年有效減少34萬噸之畜牧廢水排入河川。花蓮縣推動畜牧資源化政策，縣內飼養豬隻2,000頭或牛500頭以上之大型業者，皆已達成環保署規範之5%資源化比例外，更推動其中4家業者將畜牧廢水委託璞石閣生質能源中心處理進行沼氣發電，並將沼渣沼液進行澆灌，讓資源化比例達到100%。為達到2050淨零碳排政策，花蓮縣將持續推動設置第二座畜牧生質能源中心，期望達到農政經三贏目標。畜牧糞尿資源化途徑包括畜牧糞尿沼液沼渣作為農地肥分使用、農業廢棄物再利用及畜牧廢水經處理至符合放流水標準後澆灌花木使用等三種，環保局除積極輔導業者辦理相關資源化措施，並向中央政府如環保署等申請補助計畫，藉以推動相關畜牧糞尿資源化政策。花蓮縣為全面輔導畜牧業轉型為綠色產業，並以推廣畜牧糞尿資源化再利用為主軸，積極向中央爭取經費以妥善處理畜牧廢水，並結合農業單位爭取經費補助養豬場改善場區畜牧生產設備，建立現代化的畜牧友善飼養環境生產模式，降低廢水排放，同時推動畜牧廢水資源化，積極推動畜牧糞尿資源化中心設置以及農地澆灌等作為，全面協助畜牧業走向減污環保且具經濟效益的方向。環保局表示，為積極協助縣內畜牧農友進行畜牧廢水資源化處理，並逐步將養豬場老舊設施汰換轉型為現代化飼養管理模式，降低養豬場周遭氣味並減少畜牧場污水產生，同時增加業者收益，打造環保又具經濟效益的畜牧業，花蓮縣已在玉里三民地區設置全國首座畜牧糞尿集中處理設施-璞石閣畜牧生質能源中心，收集瑞穗、玉里地區計11家畜牧業者飼養豬隻9,760頭、牛隻776頭產生之糞尿約每日300噸進場處理，預估每年可減少畜牧廢水排入河川近11萬公噸，每年減少8,700公斤的生化需氧量污染物排放到渠道或河川內，大幅降低水體污染負荷，同時經厭氧消化所產生的沼渣及沼液可作為優良的有機肥料，每年約當產生11萬噸的有機肥料，約莫5,400包台肥5號肥。並可產生綠電供民眾使用每年約可產生80萬度綠能，相當於250戶住家用電量，也有減碳效益存在，預估可減碳相等於16座大安森林公園。
