牡丹水庫為屏東縣南區最重要用水來源，其集水區有著獨特的生態資源，故保育與治理如何並行甚為重要。屏東縣政府自106年起陸續成立專案持續辦理上游主要野溪之治理，透過上游集水區保育治理時加入生態環境考量，穩定當地供水，並兼顧生態環境。水利處表示，自106年度起本府積極爭取前瞻基礎建設計畫，辦理牡丹水庫上游重要支流牡丹溪與汝仍溪之治理，截至110年度底止共計完成14件工程，治理總經費1億3,559萬元，治理河段約2900公尺，工程設計上以迴避、縮小、減輕及補償等方式為治理原則，迴避或縮小高度敏感區不擾動，並依各立地條件下以石籠、土石籠、砌塊石、土包袋等較為生態之工法穩定邊坡，有效減少護岸施作時約80%之鋼筋混泥土用量，減輕治理時之生態衝擊。牡丹水庫之上游集水區保育治理進行時，若工區位屬生態一級敏感區時，則在設計時加入生態檢核步驟，於設計前辦理生態調查，於治理工程設計時加入生態團隊，保留重要珍貴生態物種，建構友善之生態棲息地並減少擾動，以維持牡丹鄉特有景觀與生態。故辦理整治工程主要目的在延長水庫壽命、維持庫容及避免淺碟效應加劇，協助屏南地區供水穩定，並確保野溪斷面足夠與土砂生產抑制，亦可確保野溪兩岸村莊部落保之安全，以期達到用水穩定、野溪河防安全及生態擾動最小化。
