到了十九世紀，奏摺體制與軍機處仍然存在，但清王朝官僚體制「常規化」的情況卻越加明顯，皇帝的專制與獨裁已隨之褪色。以軍機處為例，嘉慶皇帝繼位後的改革方案，讓軍機處與外朝的官僚體系愈加趨同，「非正式性」的色彩也隨之銳減。例如：嘉慶朝《大清會典》首次收錄「軍機處」相關條目，意味著該單位公開成為國家官僚體制的一環。軍機處官員的人數在此時也被固定下來，而皇帝任免軍機大臣時，更多的是考慮到他們的出身與資歷，擁有科舉功名的人數取得優勢，但他們也容易犯下輕微的錯誤而遭到議處。此外，軍機大臣拔擢家族子弟為軍機章京的作法遭到禁止，改由部院大臣推薦人選，後來又以考試進行甄別，最後才由軍機大臣從中舉薦。雖然新的選任模式看似規範化，但皇帝大多遵循軍機大臣的推薦名單而任免軍機章京，從人事裁擇的過程中，我們逐漸看不到皇帝個人意志的運作空間。
