褪黑激素是由位於大腦深處的一個小小內分泌腺體，稍微帶點紅的灰白色豆狀小體─松果體（Pinealgland）所分泌。人類的松果體非常細小，長度5～8毫米，寬度3～5毫米，重量120～200毫克，並且隨著年齡的增加而萎縮。有趣的是，女性的松果體比男性稍微大一點，或許這就是女性的平均壽命比男性長的原因。松果體的活動具有明顯的週期性，它所分泌的褪黑激素會隨著陽光照射減少，一旦遇到黑暗則會增加，對晝夜節律的功能產生影響。除此之外，松果體還會表現出月、季、年的週期變化，更具有調節內分泌系統與免疫系統的功能。
