行政院長毛治國16日表示，為了避免在當前全球政經情勢極為嚴峻的關鍵時刻，國家因政黨輪替使行政院無法進行重大決策，因此已向總統請辭。對此，行政院發言人孫立群17日說明，18日下午2點臨時院會將提內閣總辭，但總辭後，閣員會待命直到總統有所指示，留給總統與未來執政團隊協商如何安排。
因18日下午2點將提內閣總辭，財政部次長兼國安基金執行秘書吳當傑說明，原定下午舉行的國安基金例會，因國安基金主任委員、行政院副院長張善政認為，內閣總辭後再開會，身分上會有疑慮，因此決議將國安基金例會提前至上午召開，但為避免影響台股，開會結果將於台股收盤後，召開記者會公布。
根據《中央社》報導，外界質疑若內閣總辭，吳當傑卸任後，屆時國安基金無人操盤，恐將「擺爛」，對此吳當傑解釋，依據民主與責任政治的精神，會完全負起操盤責任，直到繼任人選出現為止，至於國安基金是否持續授權，將尊重委員會的決議。
而18日為選後台股第1個交易日，外界擔心政黨輪替與美股重挫2大利空衝擊台股，對此吳當傑呼籲，雖然國際因素仍不穩定，但總統大選結果已定，對市場有正面效果，「台灣不必然會跟跌」，吳當傑也將密切關注亞股開盤表現，必要時進場護盤。
