法務部長邱太三今天（11日）在行政院就廢除特偵組主張進行辯護，邱太三表示，立法院10年前修改法院組織法，訂定特偵組法源依據，當初對特偵組有過度美麗的期待，特偵組當初參考南韓中央檢察廳與美國獨立檢察官制度，如今2國類似機構早已廢除，特偵組過去辦案必須借調地檢署人力，無形中也影響地檢署肅貪能量，事實上，地檢署過去偵辦重大肅貪案件，例如葉世文、李朝欽等案件，顯示其肅貪能量並不亞於特偵組，他相信廢除一個特偵組後，將會出現二十幾個特偵組。
邱太三表示，特偵組存廢問題，多年以來備受各界爭議，上屆立院會期，法務部曾經會銜司法院討論特偵組設置規範，咸認為特偵組與現行法制有很多衝突與矛盾。
邱太三：參考南韓美國 但幾個國家皆早已廢除
邱表示，2006年，立法院修改法院組織法，很多立委對打擊貪腐有美麗的期待，當時參考其他國家經驗，但立法過程過於倉促，也引發嚴重問題，特偵組參考南韓中央檢察廳與美國獨立檢察官機制，但這幾個國家施行結果，這個特別單位都結束掉、都已廢止掉，在台灣當年立法並無考慮到刑事訴訟法相關規範銜接，只增訂法院組織法第63-1條，沒有考慮到刑事訴訟法相關檢察官配置。
邱太三表示，上屆立院已有立委提案修改法院組織法，廢除特偵組，後來因為立院會期結束，屆期法案不續審未再討論，但既然有立委提案，法務部當然應從法制面角度檢討。
邱太三：特偵組造成檢察體系混亂
首先，將特偵組設在最高法院，造成檢察體系混亂，根據刑事訴訟法分工，地檢署受高檢署監督、高檢署受最高檢察署監督，然而位在最高檢察署的特偵組，由誰來監督？這也衍生特偵組偵辦後續案件，是否有不當辦案爭議。
第二，刑事訴訟制度對檢察署不起訴處分或緩起訴案件，有「再議」的救濟制度，然而特偵組起訴案件，經法院判決後，能否適用刑事訴訟法在再議的救濟制度，就有所牴觸，過去特偵組偵辦案件，就有類似情況，產生法制面很大衝擊。
另外，有媒體提出，未來特偵組裁撤，可能影響特權貪腐偵辦，然而，偵辦特權的「美麗期待」，給特偵組很大壓力，特偵組過去10年雖然有些案子獲得社會肯定，但也有案子受到社會質疑。 （相關報導： 掌權過大、缺監督機制 法務部將建請立法院廢特偵組 ｜ 更多文章 ）
邱太三表示，特偵組受到人員配置限制，辦案能量先天不足，辦案過程因此從地檢署、高檢署調用人力，把地檢署具備偵辦肅貪案件能力檢察官抽離，等於間接分散各地檢署辦案能量，「過去我們太關注特偵組，忽略了地檢署辦案能量」，事實上，地檢署過去曾偵辦過多起高階政府官員貪瀆案，例如桃園縣副縣長葉世文、南投縣長李朝欽等。
