今年6月底有鄉民及潛水客發現臺東綠島石朗保護區水下珊瑚礁疑遭施工船機破壞，紛紛向相關單位陳情，經臺東縣政府調查後，確實為執行中災害復建工程施工廠商，近期因投放消波塊作業時錨定船機不慎所為，除已依漁業法祭出新台幣3萬元罰單外，同時要求施工廠商在提出更好施工方式前，不得再下錨。
案件發生後，縣長饒慶鈴相當重視，指示農業處長許家豪立即與綠島鄉長謝賢裕聯繫進行會談，聽取當地建議，雙方初步共識將要求廠商至綠島召開說明會議及進行潛點調查後，選擇更和緩的錨定方式減緩機組的衝擊力，避免大規模擾動及拖行當地珍貴海底珊瑚礁。
饒慶鈴強調，縣府對於工程進行及海洋生態保育同樣重視，綠島這片瑰麗海域所俱有的水下寶藏甚至聞名國際，水下生態也極度脆弱敏感，縣府會嚴格要求施工廠商務必詳實確認各工作面，需對生態能友善，以維護工程與海洋資源保育雙贏。
饒慶鈴也特別要求農業處等相關單位，對於此次案件務必要求及督導廠商確認施工方式，需無妨礙當地海底生態後再續行工作，另對於受損之海底生態，應更妥善復育，確保海洋的永續、健康與美麗。
