因應疫情日益嚴峻，為強化人流管制，有效降低交互感染風險，全力防堵疫情，縣府防疫再升級，採取高強度人流管制措施，縣府提前在18日起在中庭一樓分別設立「廠商外送區」、「實名登記區」、「單一窗口服務區」，不開放民眾上樓洽公，避免群聚的風險，並自26日起正式實施居家分流辦公，啟動彈性上班機制，辦公時間彈性調整為上午7:30至9:30、下班時間配合調整為下午4:30至6:30，同時維持電子差勤管理機制，此外，縣府擴大主管會議改採視訊方式，並避免不必要會議，府內公共區域及會議室都定期消毒並禁止飲食，強化人流管制，圍堵疫情。
縣府配合中央防疫政策，從5月18日起就不開放民眾上樓洽公，廠商外送在南郭路側門外有「廠商外送區」，所有郵寄、貨運等外送廠商，統一於外送專區等候，不開放廠商進入縣府，再由訂貨單位派專人下樓取件，如需搬運大量貨物，請訂貨單位派人下樓親自帶領廠商進入。
縣府中庭設立「單一窗口服務區」，由民眾洽公需求較高之單位提供單一窗口服務，包括財政處、地政處、民政處、經綠處、建設處、工務處、農業處等7處，如遇民眾有其他處室業務需求時，另由實名登記區服務人員通知該處室派員下樓至中庭審圖區洽辦。
縣府一樓入門處設立「實名登記區」，引導洽公民眾統一由南郭路側門進入，縣府出入口採實名制、量測體溫、乾洗手及設置消毒毯加強防疫措施，民眾在實名登記區填寫資料後，才能進入設在中庭的「單一窗口服務區」洽公。
位於縣府一樓的開標中心採分區分流作業，避免投標廠商集中群聚，即使收發文統一也採分流制，且公文夾皆定期消毒，盼能圍堵疫情。
