桃林鐵路沿線三元街至健行路段的雨水下水道工程也尚未完竣， 6月2日大雨過後，民光東路與民有五街口的社區，水從通風口滲進地下室，民富十一街後方灌溉池塘水滿出，造成寶山街周邊社區和幼兒園淹水；淹水過後，南崁溪水減退，1萬8000多尾魚來不及回到溪流，造成魚屍堆積。市議員陳美梅要求，雨災後續相關損壞賠償要妥善處理；延線周邊的排水工程，必須將鐵道周邊的排水溝渠納入設計；南崁溪岸未來也要規畫使用符合生態工法的堤岸設計。
市府表示，三元街到健行路路段箱涵工程已施作完畢，淹水主因社區低窪、排水不善。市議員陳美梅說，當初針對桃林鐵路後續自行車道規劃討論時，明確要求施作路面相關排水設施，卻還是造成如此嚴重淹水。
另外，水災過後也因為沒有相關洄游設計，河岸堆積成千上百魚屍。包括三民公園到民光東路，春日路往慈文路的南崁溪沿岸，都有類似問題。盼後續規畫符合生態工法的堤岸設計，不必每次淹水都要清理魚屍。
淹水補償有全國統一標準
市長鄭文燦表示，淹水補償有全國統一標準，要視社區實際情形是否符合。此外，水務局會加速完成桃林鐵路分洪工程，也一併改善路面排水收集系統，未來不論設置自行車道或輕軌，一定會安排好排水，讓水完整收集後再排入箱涵系統當中。
水務局表示已請教魚類專家，專家建議在高灘地做適當的坡度修正，與主河道連結，可以減少魚類死亡率；屍臭處理則建議使用木醋稀釋噴灑，不僅可有效清除臭味、周遭蚊蟲，對生態也沒有其他影響，水務局今天會在南崁溪施作。
