與他的前任一樣，他也試圖在意識形態領域提煉出自己的理論思想，作為自己的政治遺產。他進一步發展共產黨的理論，提出「三個代表」思想，即「中國共產黨要始終代表中國先進社會生產力的發展要求，始終代表中國先進文化的前進方向，始終代表中國最廣大人民的根本利益」。這在之後寫入《中國共產黨章程》和《中華人民共和國憲法》。
吳強認為，江澤民的「三個代表」思想沒有擺脫他技術官僚的局限性，沒有從理論層面上有突破性的升華提高，作為政治遺產顯得十分薄弱。
與此同時，他也以鐵腕鎮壓國內異議人士，打壓法輪功組織。對台灣持強硬立場，導致第三次台海危機爆發。批評者也認為，他無意推動中國的政治體制改革，使得中共不斷走向專制。
其中，打擊法輪功給他的人權記錄留下了極有爭議的記錄。法輪功為李洪志提出的一種氣功修煉法，於上世紀90年代中後期在中國迅速興起，吸引了數千萬人加入該組織，也逐漸引起中共注意。1996年，中共宣傳機器《光明日報》稱法輪功為「封建迷信」，引發中國各地法輪功學員不滿，他們開始不時針對批評法輪功的機構開始示威抗議。1999年4月，一萬名法輪功成員在北京中南海前舉行和平示威，抗議當局拘捕他們幾名領袖。自此，中國開始大規模鎮壓法輪功活動，將法輪功定性為邪教。官方媒體也將法輪功組織描述為宣揚謬見、誤導群眾及危害社會穩定的組織。但法輪功成員堅稱，他們是個奉公守法的和平組織，通過靜坐和練習氣功強身健體。
法輪功成員眾多，且深入中國社會不同階層，無疑會給十年前剛經歷過「天安門」事件的中共政權感受到威脅。而對法輪功的取締也十分全面，涉及中國各個角落。自1999年至2000年的一年間，有數百萬學員受禁令影響退出組織，超過3萬名法輪功學員遭逮捕。中國當局對法輪功的打壓一直持續到今天。
打開外交局面
江澤民在確保自己國內的穩定地位之後，試圖提升中國在國際上的形象，且十分樂於利用自己的知識與背景吸引國際社會的注意。
「六四」後，中國面臨以美國為首的西方世界的制裁與封鎖，但修復中美關係對於中國改革開放至關重要。
他曾多次提到對美關係的原則，即「增加信任、減少麻煩、發展合作、不搞對抗」，並於在任期間多次訪問美國，促使中國加入世界貿易組織，深化了中國融入世界經濟的進程。
