在國際輿論壓力下，國府當局於同年（一九六五）秋天允許彭明敏特赦出獄，魏、謝兩人也各減刑一半，彭被釋放後，可以在台灣各地行動並自由會客，但無法回台灣大學任教，其行動也遭嚴密監控。翌年四月二十三日，彭突然被告知將獲蔣經國召見，他在回憶此段經歷時寫道，小蔣由時任行政院青年輔導委員會委員的李煥陪同，在救國團總部裡接見他。當彭快走進小蔣辦公室時，他透過玻璃窗瞥見蔣特地從座位上站起來，小心翼翼整理衣領，雙方握手寒暄後，蔣非常親切地問候彭的家人，閒話家常，並稱：「很多人都非常關心你。」又問他：「有沒有什麼困難？有沒有什麼我們可以幫忙的？」當彭回答希望能夠再回到台大教書時，小蔣臉上閃過一絲尷尬，轉向李煥問道：「有沒有與錢（思亮）校長談過？」同樣面露尷尬的李煥支吾其詞，連忙說：「我們會與他商量這件事。」
蔣經國在同一天日記裡對此次晤談經過，僅有短短三段話：「接見台獨案之主要犯彭明敏，談談一般問題，在政治運用上似有收穫。」蔣顯然把和彭的會面視為政治上拉攏台籍菁英的一環，並自認頗有收穫，彭本人即不諱言，這三十分鐘輕鬆且不拘束的談話讓他內心感受很複雜：「蔣經國本人似乎遠不如其照片所給人的印象那麼粗鄙，他的談吐頗帶溫暖，這在其父親唐突陳腐的問話中是找不到的。」他坦承小蔣的作風平實，讓人感覺是一位比較有誠意的政治人物。當一九七二年夏天彭明敏的英文回憶錄在美國出版問世後，他與小蔣這段短暫的接觸與感想，還曾引來美國務院官員的好奇，並以此例來分析小蔣對待台籍菁英的態度。
小蔣致力於爭取廣大本省民眾認同與建立開明形象的努力，是否稱得上成功，或許見仁見智，然而在外人眼中，此番用心似乎仍無法消弭一般百姓對他的猜疑與負面觀感；美政府注意到小蔣欲以革新與效率建立個人的威望，但他設法與台籍人士交好的努力卻只能稱得上是「表面功夫」，在本省人心目中，小蔣依然是「深不可測的謎」，省籍衝突仍無法消弭。在六○年代走入尾聲之際，華府還認定一般台灣人早已把蔣經國與汙穢的特務工作聯想在一起，評價他應為眾多白色恐怖中犧牲的本省菁英負起責任，小蔣在權力接班過程中可能面臨來自本土勢力的挑戰，讓國務院不敢掉以輕心；當台灣政局出現不穩時，美方如何因應的沙盤推演，成了華府一項不能說的秘密任務。
蔣經國眼中的「台獨」與外國勢力
一九六七年二月的最後一天，美國務院收到一份來自台北大使館的機密電報，其內容是大使館政治參事傅嵐（Jerry Fowler）與彭明敏、衛理公會傳教士唐培禮（Milo Thornberry）與納嘉岩（Nishan J. Najarian）等人餐敘的談話紀要；彭告訴這些老美，蔣經國正與北京暗通款曲，彭的一位日本學界友人透露兩年前小蔣訪美結束取道東京返台時，曾與在日本的中共人士秘密接觸，證據確鑿，彭因而認定一旦老蔣去世，小蔣將把台灣拱手交給北京治理。彭又說他在警備總部工作的友人透露，小蔣在內部談話中直言有四類份子足以危害其權力地位，必須嚴加監控，首先是退休軍事將領，其次是受日本教育的台籍菁英，第三是流氓幫派份子，最後一類彭說他已記不得；他還告訴眾人，未來台灣領導人將來自本土，而非海外台獨團體，儘管當時美、日各地台獨運動缺乏聯繫，看似一團亂，但海外獨派的存在依然重要，可以在意識型態上引導台灣民眾。姑且不論彭的談話是否客觀無誤，他儼然已成為西方國家理解蔣經國動態的一個重要管道來源，與彭亦有接觸的英國駐淡水領事館在其政情報告裡即引述彭的意見指出，儘管國民黨仍掌控大局，然而未來若「台獨建國」蔚然成風，小蔣有可能在民族主義驅策下，接受北京所提的「自治」方案。
