亞慶父母請孫中山醫治，他便以西洋方法對病人進行手術，很快就將脣口縫補完成。由於名聲實在太響亮，孫中山甚至在鏡湖醫院的基礎之上另立門戶，開設兩家診所，分別是位於澳門議事亭附近的「仁慈堂旁孫醫館」，以及位於草堆街的「中西藥局」。有趣的是，行醫的三個地點，群眾取向各不同，照顧澳門三大階層的利益，鏡湖醫院位於雜市，主要客群是貧苦的華人；而中西藥局位於華商聚集區，主要客群是中上層的華人；仁慈堂旁孫醫館則位於高官顯爵雲集之處，主要客群是葡萄牙人與富家貴族。
「中西藥局」診症費為二毫，「仁慈堂旁孫醫館」則是一元，就這樣，孫中山開始有了收入，靠著這種薄利多銷，漸漸變成有錢人，「四大寇」之一的陳少白評價孫中山行醫成功時稱：
很奇怪，不滿兩、三個月，聲名鵲起，幾乎沒有一個人不耳聞其名，極端欽佩的。就診者戶限為穿，他這一年的醫金收入，計算一下，竟有一萬元之多。但是他並不積蓄，總在各方面用出去，以至賺到的錢，到手就完。
孫中山的收入放到今天來看也是十分了不起的成功，一般人獲得如此大的成就，大概會安於現狀，但他一輩子深按革命道理，知道宣傳與推廣的重要性，便開始營造自己的醫學帝國，將生意推得更廣、更遠，經常投入重資在報紙上進行宣傳，每張報紙基本都印上大大的孫中山頭像，以及一連串廣告用語，例如「大國手孫逸仙」、「從英美名師游，洞窺祕奧」等，聽起來實在很吊胃口。除此之外，一八九三年七月
十八日的《鏡海叢報》，孫中山還以行醫期間醫治的多起病例來宣揚自己：
一、 治療沙麻病：陳宇，香山人，六十一歲，患沙麻八年矣，辛楚殊常。頃在醫院為孫醫生割治，旬日便痊，精健倍昔。
二、 幫老外接生：西洋某婦，胎產不下，延孫治之，母子皆全。
三、 治療腎積水：賣麵食人某，腎囊大如斗，孫醫用針刺去其水，行走如常。
四、 治療化學燒傷：大隆紙店兩伴，誤為毒藥水焚炙心胸頭面，勢甚危殆，孫醫用藥敷之，旬時就癒。
五、 拯救尋短女人：又某客棧之伴，與妻角口，妻於夜半吞洋菸求死，次晨八點鐘始有人抬到孫館，如法救之，亦慶更生。
六、 幫大官醫治：港之安撫署書寫人尤其棟，患吐血症多年不癒，華醫束手，親造孫醫求治，一月奏效。
以孫中山的醫療水準和經營規模來說，倘若能在澳門安安穩穩地待下去，有可能會成為當地德高望重的大財主，然而歷史往往都是出人意料的。隨著孫中山的業績水漲船高，引起葡萄牙醫生的忌妒，他們找出孫中山的學歷來自野雞大學，一同上報政府，要求關閉他的兩家診所。
