黃熱病流行了幾年，殺死了許多人，當時無藥可醫，再說要滅除蚊子又談何容易，唯一的生路是疫苗。疫苗的先決條件是要分離出病毒，然後將病毒去活性當作苗種。馬克斯‧泰爾勒（Max Theiler） 在紐約洛克斐勒研究院實驗室從事黃熱病病毒研究，他一生專注於黃熱症病毒純化，希望能以純化的黃熱病毒作為苗種，後來成功地分離出病毒。但病毒不能馬上用來做疫苗接種，要先減低活性。但他發現減低病毒活性相當困難，花了很長的時間才開發出低活性疫苗。之後大量疫苗施打後，終於克服了黃熱病。
二十世紀下旬另一種神祕的病毒侵入西方國家，引起社會不安。這種病毒會將體內免疫細胞破壞，降低抵抗力，讓人因嚴重感染而死亡。這種病毒就是引起愛滋病的免疫缺陷病毒（HIV）。愛滋病之可怕是在於病毒將CD4淋巴細胞幾乎全部毀掉，人體失去了最重要的免疫火力，無法以發炎當武器困殺細菌或病毒，因此很容易受到感染而死亡。愛滋病目前已有藥物可有效控制病毒，減低嚴重性，但仍無法除掉這個病。病毒專家努力試做疫苗，但仍沒有效果，其中一個原因是HIV病毒太會閃躲，讓注入的疫苗找不到病毒。
二十一世紀又出現了伊波拉病毒大流行，主要發生地區是西非。這個病毒侵入人體後引起很嚴重的病，許多得病的人在短時間內死亡。伊波拉病毒入侵人體後會侵入並破壞血液中的白血球，破壞血管壁的內皮細胞，引起免疫缺陷、發炎及出血症。目前已開發出幾種疫苗，期待將來可以將此疾病滅除。
病毒入侵人體時，免疫系統也會用各種方式來滅除病毒，其中發炎反應是主要的武器。然而，免疫發炎其實很難滅除病毒，因為病毒入侵後便進入人體細胞內，利用細胞已有的核酸複製機制進行繁殖，在細胞內迅速地增生。免疫系統發出發炎信號，殺不了細胞內的病毒，反而傷到體內細胞。能夠有效滅細菌感染的各種抗生素對病毒也沒有用，能夠控制病毒感染的藥物不多，而且效力也不像抗生素那麼高。
能夠幫忙體內免疫系統清除病毒感染的是疫苗。疫苗是以人為的方式加強體內本來已有的免疫系統。將去活性病毒注射入人體，讓免疫系統活躍起來，認識病毒上的異體蛋白質，一旦真的感染病毒，免疫細胞已經準備好，而且馬上增生，發炎火力大增，在病毒沒進入細胞前就可以將其滅除。許多危害人類的病毒大感染已經被疫苗的免疫力克服了。
寄生蟲感染
有的寄生蟲相當大，肉眼就可看見，蛔蟲就是一個例子。這些寄生蟲寄生在腸內，也會穿過腸壁進入肝臟。人體的免疫系統用來對付這些大型寄生蟲的發炎武器，與對付微小細菌或病毒不一樣，趕赴寄生蟲現場的白血球並不是嗜中性顆粒白血球，而是嗜酸性顆粒白血球。
